西暦2000年。日本アルプスの九郎ヶ岳遺跡で奇怪な事件が発生。五代雄介は友人の沢渡桜子が古代文字の解析を行っていたことから遺跡を訪れ、そこで謎のベルトと遭遇する。やがてベルトと再会した雄介は、突如現れた怪人に襲われる中、ベルトを装着し、戦士クウガに変身。彼が最も愛する人々の笑顔を守るために戦う。
テレビシリーズとしては『仮面ライダーBLACK RX』以来、11年ぶりに制作された仮面ライダー。時間の経過や警察組織の動き、怪人たちの文化などを細かく描き、またアクションでもアクロバティックなバイクの動きを入れることで、それまでのシリーズにないリアルでスピーディな作風で新たなファンをつかんだ。
■キャスト
五代雄介:オダギリジョー
一条薫:葛山信吾
沢渡桜子:村田和美
おやっさん:きたろう
榎田ひかり:水島かおり
五代みのり:葵若菜
バラのタトゥの女:七森美江
■スタッフ
原作:石ノ森章太郎
脚本:荒川稔久
井上敏樹
きだつよし
村山桂
竹中清
監督:石田秀範
渡辺勝也
長石多可男
鈴村展弘
金田治
音楽:佐橋俊彦
西暦2000年。日本アルプスで謎の古代墳墓が発見された。遺跡に記された古代文字の解析を任された沢渡桜子はそこから「死」と「警告」という不吉な意味を読み解く。その夜、発掘現場で異常が発生。翌朝、現場に到着した五代雄介は遺跡で不思議なベルトを目撃。雄介は桜子にベルトの古代文字の解読を依頼する。
五代雄介が白い戦士に変身し、クモのような怪人と死闘を繰り広げたその夜。長野市内では、翼を持った謎の存在が人々を襲撃する怪事件が起きていた。未確認生命体と命名された怪人を追う長野県警の一条刑事は、事件現場に向かう途中、雄介と再会し、雄介がベルトの力で白い戦士に変身して戦っていたことを知る。
怪我を負った一条刑事を病院に運んだ五代雄介は、東京へと戻って行った。雄介を戦いに巻き込んだ自責の念をぬぐえない一条は、本部長から未確認生命体の射殺命令を通達されてしまう。自分の命を救った白いクウガ=未確認生命体第2号と赤いクウガ=未確認生命体第4号は射殺の対象から除外すべきと主張する一条だが……。
未確認生命体第4号と第5号が出現したという情報を聞いた一条は、雄介の安否に危機感を募らせていた。未確認生命体の射殺命令が通達されていたのだ。そんな時、東京の本庁に捜査本部が設置され、一条が長野県警代表として出張することに。一条は、雄介を呼び出し、クウガに変身しないよう説得しようとするのだが……。
一条刑事は関東医大病院の椿秀一の元に雄介を連れていき、身体の調査を行った。その結果、雄介の身体は他の未確認生命体の体組織と同じような特徴を持ち、ベルトから全身に神経組織のようなものが広がっていることが判明。いずれ雄介も他の未確認生命体のように戦うための兵器になってしまうのではないかと危惧を抱く。