其之一「巫女三姉妹見参」数年ぶりに三次市と帰郷した忠尋だが、そんな彼を待っていたのは怪しげな天狗面。その天狗面は、忠尋を「審議者の血を継ぐ子」と呼び…。其之二「入学式異変」霞彩高校に入学した忠尋と柚子。だが、忠尋を狙い学校に異形の集団が出現する。そんな彼を守るべく柚子は巫術を駆使して…。
其之三「巫女委員会設立」度重なる物の怪の襲来に、霞彩高校の教師である倉子は、一つの提案をした。妖怪調伏などのために巫女委員会を設立するというのだが…。其之四「巫女委員募集中」柚子と親友の征子、千佳が巫女委員となったものの、それ以降まったく立候補のいない委員会。そこに酔狂な人間が現れて…。
其之五「集結巫女委員会」最後の巫女委員が見つかった。超ブルジョワなお嬢さまの御堂志津歌である。だが、柚子がいない時に物の怪が出現して…。其之六「巫女大修行」巫女委員会の本格的な活動が開始された。まず委員会メンバーに科せられたのは、巫女としての修行。そのせいで疲労困憊な四人を見た柚子は…。
其之七「巫術開眼」四人の新人巫女たちに手渡された神器。しかし彼女たちは、神器を使いこなせないでいた。そんな時、柚子が物の怪の手に落ちてしまい…。其之八「ヤガレナ」柚子が襲われたのは自分のせいだと気に病む忠尋に、倉子は稲生神社に伝わる古文書を見せた。そこには、ある神の名が記されていて…。
其之九「怪猫疾風」またしても忠尋の目の前に現れた物の怪たち。手強い物の怪に柚子を欠いた巫女委員会は苦しい戦いを強いられる。そこに現れたのは…。其之拾「巫女大合宿」夏休みに浮かれる巫女委員会たちは、合宿と称して志津歌の別荘へと旅立つ。そう、忠尋と三姉妹の父である直範を稲生神社に残して…。
其之拾壱「灼熱恋愛指南」なかなか進展しない忠尋と柚子の仲を心配した巫女委員の面々。夏の思い出を作らんがため、みんなは柚子に恋愛指南を開始するが…。其之拾弐「騒乱祭囃子」チームワークが見られない強化合宿終了間際、倉子はみんなを夏祭りへと連れ出した。息抜き兼チームワーク育成のためだったが…。
其之拾参「怪談海亡者」延々と続く岬原の超常現象話に食傷気味の柚子たち。そんな、みんなの心の叫びに、怪現象オタクはとっておきの怪談を始めるが…。其之拾四「黄昏の巫女」新学期も始まり、忠尋と柚子、巫女委員たちは気分を一新していた。そんな時、巫女装束に身を包んだ三人の少女が現れて…。
其之拾五「転校生異聞」かわいいと評判である転校生の白山菊里に柚子の心は、嫉妬の炎で燃えていた。そんな状況であっても乱裁道宗は、容赦なく巫女委員会を襲う。其之拾六「征子恋文篇」征子に春がやってきた! 更衣室のロッカーになんとラブレターが入っていたのだ。その熱い文章に征子は舞い上がるが…。
其之拾七「志津歌風霜篇」何事もそつなくこなす志津歌が、自分の殻を破れず何事にも伸び悩んでいた。それは、巫女としての力においても同じだったが…。其之拾八「昭和怪猫伝」昭和の時代、こまは一人の男と暮らしていた。その男はこまと生き、こまに人の心と生活を教えた。今、思い返すのは、その男の言葉…。
其之拾九「千佳奮起篇」留年も確実と言われ、補習を余儀なくされる千佳。そんな時、学校全体が敵の結界に取り込まれてしまい…。其之弐拾「岬原電網篇」いずみのオカルト趣味についてこれる者がこの世に存在していた。その人物は岬原のホームページ上でやりとりをするだけで一切が謎。その人物とは…?
其之弐拾壱「鵺」怪しげな儀式を始める黄昏の巫女。儀式により呼び出されたのは、これまでとくらべものにならないぐらいの強敵だった…。其之弐拾弐「終末序詩」巫女委員会たちは、強敵である鵺を、一時撤退させた。だが、日本は混沌の霧に包まれ始める。ヤガレナの復活が近いことを知った巫女委員会たちは…。
其之弐拾参「審神者」ヤガレナの依り代、朝霧の巫女である柚子。神を降臨させる力を持つ審神者、忠尋。鵺は二人を連れ、霧の中に消えていき…。其之弐拾四「付喪神」かつて乱裁道宗と呼ばれた曲玉があった。付喪神である浜路瑞穂と浦波雪絵は、ヤガレナに姿を変えられた乱裁を助けるため、自ら命を絶つ…。
其之弐拾五「逆襲巫女委員会」神話の再現を防ぐため。乱裁道宗はそう語る。失われた神話にこそ、復活を果たしたヤガレナを再び幽世へと封印する術が隠されていた。いよいよ巫女委員会たちの反撃が始まる。其之弐拾六「朝霧神話」柚子の心を現世につなぎ止めるため、忠尋は精神を虚無へと旅立たせる…。