あらゆる分野で活躍する、汎用人間型機械“レイバー”。続発するレイバー犯罪に、警視庁は特殊車両二課、通称パトレイバーを新設し、対抗していた。ある日、太田と遊馬は、その新型レイバー「イングラム」を見にいく途中で若い婦警・泉野明に出会う。
養成学校にてイングラムの研修を受けていた第2小隊の隊員たち。中でも、最終日の模擬戦によって今後の配置が決まると聞いた野明は大ハリキリ! 第1小隊の五味丘、ニューヨーク市警からやってきた香貫花を倒してパイロットの座を勝ち取れるのか!?
特車二課が置かれているのは、人跡未踏の埋立地。特車二課の隊員たちは、整備班の高速艇を漁船にして食糧難を解決していたが、何と高速艇が漁の帰りに座礁、太田が2号機の操縦をミスして二重遭難してしまう。整備班長・榊に知られる前に何とかしなくては!
なぎ倒された木々と、激しく破損した「クラブマン」、そして、森にこだまする不気味な唸り声。通報を受けた第2小隊は、怪獣退治と色めき、早速捜索を開始。山林へと分け入るが、見つけ出した唸り声の主の傍らには、思いもかけないものが待ち受けていた!
試作戦闘用レイバー「HAL-X10」が、評価試験中に暴走を始めてしまった! 事態を極秘裡に処理すべく、尻拭いの役が第2小隊に回ってきたが、重装備の軍用レイバーに正面から向かっても勝てるはずはない。果たして、第2小隊は暴走を止められるのか!?
建設中の都市型高層建築物タワーシティで、大規模な火災が発生。しかも視察中の某国外相一行が、地上200mに閉じ込められてしまった! 救助命令を受けた第2小隊は、屋上に設置されているクレーンからイングラムを釣り降ろすという作戦に出るが…。
旧式レイバー「97式改パイソン」で、レイバー犯罪に挑み続ける第1小隊に、最新鋭のレイバー「SRX-70」の試験導入が舞い込んできた。しかし、この試験導入の背後には、軍需産業で有名な外資系企業、シャフト・エンタープライズ・ファーイーストの影が潜んでいた…!
渋滞解消の切り札、首都環状20号線の建設現場が破壊された。調査に乗り出した野明たちは、東京近郊の鬼降村に向かうが、そこは古くから伝わる鬼伝説の舞台だった! これは本当に祟りなのか? 捜査を進めていくうちに、野明たちは意外な真相にたどり着いた…。
第2小隊に舞い込んだ依頼、それは、テロリスト・犬走一直によるソビエト軍最新鋭レイバー「ドシュカ」奪取の阻止だった。野明と遊馬は「ドシュカ」が隠されているという酒田に向かうが、その裏ではレイバー奪取を陽動にして、ソビエト高級将校の亡命が行われようとしていた!!
「50年のクリスマスを探しにいく―。」クリスマス・イヴの夕刻、香貫花の祖母・レイは、そうメッセージを残して姿を消した。一方、東京テレポートでは、全ての通信、交通が途絶し、調査に向かった第1小隊までも音信不通となってしまった。東京テレポートに何が起こったのか!? そして、レイに隠された秘密とは?
謎に包まれた敵レイバー「ファントム」の電磁波を正面から浴び、作動不能に陥る2号機。野明は1号機で奮闘するが、圧倒的な戦力差に苦戦、退却を強いられる。一方、松井と進士は米軍立川基地の跡地でレイを発見、彼女の口から「50年のクリスマス」の真相を聞くこととなる。
燃える正義の射撃バカ・太田に見合いの話がやってきた。しかも相手は美人で良家のお嬢様! 張り切って見合いに臨んだ太田は緊張のあまりドジを重ねるが、意外にもデートのお誘いが! 舞い上がる太田、仰天する第2小隊と整備班の面々。遂に太田に春が訪れるのか!?
中東の産油国・オアシスより、レイバーマニアの皇太子、ウル王子殿下が“おしのび”で来日。第2小隊に体験入隊し、イングラムを操縦して大はしゃぎ。しかし、盗難されていたレイバー「ブロッケン」が出現。殿下の身代わりを狙っているとの報が入る! 殿下も加わって、テロリスト退治が始まった!!
つまらない事件で大損害を出してしまったせいで、香貫花と野明が大激突! 隊の人間関係に問題あり、と南雲の説教をくらった後藤は、若い隊員たちを日本の伝統的トラブル解決法―屋台酒へと誘うが、果たしてメンバーの人間関係は、後藤の言うように改善されるのだろうか?
ある日、東京湾に一頭のザトウクジラが迷い込み、第2小隊が野次馬整理のために動員された。汚れきった東京湾の水の中では、クジラはとても生きていけない。試行錯誤の挙句、山崎のアイディアでクジラは湾外に出たかに見えたが、なぜか再び戻ってきてしまった…。
札幌の雪祭りの設営協力に駆り出され、はるばる北海道にきた野明たちは、レイバー嫌いの少年・サトルに出会う。そんな折、過激環境保護組織・地球防衛軍の下部組織による爆弾テロが予告された! 野明たちは雪像に仕掛けられた爆弾を回収できるのか!?
後藤隊長の身辺を騒がせる、何者かによる怨念がらみのイタズラ。隊員たちは後藤の過去に興味を持ち始めるが、何を試してもはぐらかされるばかり。野明と香貫花で尾行してもあっさりと見つかってしまう。後藤隊長を付けねらう者の正体は? そしてその目的は一体何なのか…?
第2小隊に、国民的アイドル“妹にしたいタレントNo.1”の松本加奈が一週間だけ訓練にやってきた。大ファンの太田をはじめ、熱狂的な歓迎ぶりを示す男子隊員に対し、野明はアルフォンスを転倒させられカンカン! それなのに加奈はどなりつけられた野明になついてしまった!
直径40kmにも及ぶ建設中の巨大地下都市“東京ジオシティ”で爆弾テロが発生、犯人が残りの爆弾を抱え最下層に籠城した。後藤は、香貫花の2号機と野明の1号機に進入を命じるが、そこで二人を待ち受けていたのは、かつて“竜神”と呼ばれた、奇怪な巨大生物だった!
ひょんなことから野明と遊馬が仲違いを始めてしまった矢先、陸自レイバーが正体不明のレイバーに破壊された。東京テレポートに現れた「ファントム」らしいとの情報を受け、第2小隊は伊豆大島へと向かうが、そこに遊馬の姿はない。仲直りできずに別れていく野明と遊馬を待つ運命は!?
海底から大島に再上陸し、海岸警備を突破して内陸に移動する「ファントム」。自衛隊と第2小隊による追撃が始まるが、不破の率いる空挺レイバー小隊も太田の操縦する2号機も返り討ちにあう。「ファントム」に追い詰められ絶体絶命の野明! その時、野明の前に現れたのは…!
レイバーの安全運転の講習会に駆り出された特車二課の前に、レイバーコレクターの極道の親分が現れた。彼のレイバーの初期設定を手伝ったことから、やたら組長になつかれてしまった野明。しかし、これはレイバーまでも動員した、仁義なき抗争の序章に過ぎなかった…。
香貫花に内緒で送別会の準備をするべく、自宅に忍び込んだ第2小隊の面々は、香貫花がNY市警へ提出するためのレポートを見つけた。彼女がつけた小隊メンバーの評価に興味津々の隊員たちは、いけないことと知りつつ、ついページをめくってしまう…。
帰国の日を迎えた香貫花を見送る第2小隊。しかし香貫花が搭乗した飛行機が離陸直前にハイジャック! 何の因果か、犯人の要求は以前逮捕された犬走一直の解放である。機内の香貫花と機外の第2小隊は、事件解決を目指して最後(?)の共同作戦を開始する!
太田の2号機を指揮するようになった進士は、胃痛に悩まされる日々を送る。自信を持てなくなっていた彼だが、ヘッドハンティングによる転職の誘いを受ける。高待遇、自分を評価してくれる人間、そして愛すべき妻…。果たして、進士が選ぶ道は?
第2小隊に新たに配属された熊耳武緒は、容姿端麗、頭脳明晰、運動神経抜群の優等生。彼女に対しコンプレックスを抱く野明。そんな中、第2小隊に出動命令が下る。しかも熊耳が2号機を指揮することに…。野明は、無事任務を果たせるか?
特殊な状況下での作戦や災害救助の参考にもなると、老朽化した倒壊寸前のビルを訪れた第2小隊。そこは様々な時代で数々の忌まわしい事件が起こった、いわくつきの場所だった。隊員たちが感じる薄気味悪さ、続発する怪奇現象は、本物の幽霊の仕業なのか?
休日のデート(?)でゲームセンターを訪れた野明と遊馬は、怪しい二人組に遭遇する。見事なゲームテクニックを披露する、陽気な中年・内海と無邪気な少年・バドの二人組。果たして彼らの正体は? 着実にレイバー運用の腕を上げる第2小隊に、陰謀が忍び寄る!
食事、それは生命の維持に必要不可欠な行為。陸の孤島に存在するため、特車二課の食糧事情は最悪である。食料のライフラインに些細な綻びが生じた時、彼らの日常は容易に崩壊を始めた。これは、食べるという行為への執着が生んだ悲劇と喜劇である。
小笠原で訓練していた自衛隊レイバー部隊が、謎の黒いレイバーにより全滅。何者の仕業か? 一方、上層部が進める廉価版レイバー導入計画に納得できない特車二課の面々。そして舞台は東京国際レイバーショウへ…。最強の敵、「グリフォン」遂に参上!
第2小隊が警備する国際レイバーショウには警察上層部が次期機種候補と考える篠原重工の「AVS-98 エコノミー」も出展。ショウ終了後に「AVS-98」を試乗する遊馬。そこを襲撃する「グリフォン」! その圧倒的かつ脅威的な戦闘能力が、野明たちに突きつけられる!
国際レイバーショウでグリフォンの襲撃により深刻なダメージを受けた第2小隊。そこに、「グリフォン」らしき機体が千葉に墜落したと報告が入るのだが…。内海率いる企画7課の暗躍。一方、苦しい状況の第2小隊にアメリカから頼もしい助っ人が参入する。
内海の上司、徳永専務は、内海と「グリフォン」の保護をシャフトお抱えの警備組織SSSに命ずる。その手を逃れて海路から東京を目指す内海たちと「グリフォン」は、東京港大突堤、通称“バビロンの城門”にてSSSのレイバーと対決! その報を受け、第2小隊が出動する。
“バビロンの城門”では「グリフォン」と「イングラム」、そしてSSSのレイバー隊との混戦が続く。SSSの爆弾によりダメージを受ける「グリフォン」と「イングラム」、そして失神する野明。果たして、この戦いの結末は!? バドが操る「グリフォン」が迫る!
メインモニターが故障した野明の「イングラム」だが、太田とひろみの援護もあってバドの「グリフォン」と真っ向から殴り合い勝負! 遂に内海はバドに撤退を指示する。そしてSSSのトップも内海の処遇について判断を下す。これで一件落着…か?
「グリフォン」との死闘を終え、第2小隊はレイバー隊員研修学校にて訓練を受けていた。達成感を得ぬまま「グリフォン」事件の終結を迎えた野明は、自分のポジションや能力に一人で思い悩む。そのモヤモヤを晴らそうと夜間の買出しに出かけた野明だが…。
街を壊して車両を破壊する、悪評高き第2小隊。その補償に絡んで、遂に保険会社から調査員が第2小隊にやってきた。太田をはじめとする隊員たちは、戦々恐々とするのだが…。“保険”をキーワードに、特車二課の存在と役割が、改めて見つめ直される。
特車二課の“食糧事情”を起点にして描かれる彼らの日常における闘争。しかし今度の舞台は…地下ダンジョンだ! 食料盗難事件の犯人を追って地下に下りた進士と太田からの連絡が途絶えた! 残りの隊員たちも、パーティーを編成し、いざ魔の空間へ!
特車二課へ導入が検討される新型レイバー「AVS-98 MARKII」 のテストに参加する野明、太田、第1小隊の五味丘。太田や五味丘の評価は好評の新型機だが、野明は評価が異なる。そして遂に野明が操縦する「イングラム」との模擬格闘戦が行われることになったが…?
真夏の盛り、海岸地域の警備に出動する第2小隊。遙か古代に絶滅したはずの首長竜プレシオサウルスらしき海獣により漁船が沈められたというのだが…。漁師たちが語る沖合の御神体と、海獣“プレッシー”。何かを確信する後藤。果たして海獣の正体は?
バビロン・プロジェクト・ディベロッパー・コンベンションが開かれている会場の爆破狙いでやってきたテロリストたちだが、自分たちのミスで倒壊の危機があるラウンジ最上階に取り残されてしまう。更なる大惨事を回避すべく、第2小隊の“テロリスト救出作戦”が始まる。
レイバーによるキャッシュディスペンサー強奪事件が続発。現場に残された落書きから、後藤の脳裏に過去の事件が浮かび上がる。犬走一直と猫渡銀次、そして猿滑三吉のテロリスト三人組を相手に、後藤率いる第2小隊は、どう立ち向かうのか。
野明がテレビの「働くお嬢さん」に出演することに。実際に収録が始まり、せめて醜態だけは見せまいと悪戦苦闘する野明だが、どうも上手くいかない。そんな折、作業用レイバーを奪った男の自殺騒動が発生。突撃レポーター・桜山桃子も野明と共に現場へ急行する。
香貫花を隊長とするニューヨーク市警レイバー隊へ最新の技術を伝えるため、整備班のシゲに渡米の辞令が下る。そして訪れたニューヨークでは、予想を上回る光景が展開される。巨大ロボ・メガアイアンを操る女マッドサイエンティストから、世界を守れ! CLAT!!
空挺レイバー隊の「99式ヘルダイバー」の演習を見に自衛隊の総合火力演習を訪れた後藤以下第2小隊。彼らを呼び止めた自衛官の案内で向かった格納庫にいたのは、南雲隊長の学生時代の友人にしてヘルダイバー部隊の隊長を務めている不破だった。彼女の狙いは?
第1小隊に、篠原重工の最新鋭レイバー「AV-0」が導入されることが決定した。あらゆる面で「イングラム」の能力を凌ぐ新型機。その姿を見る野明の胸の内に沸き起こるのは、いかなる感情か…。アルフォンスと名付けた愛機への想いが、今の野明には重い。
出動するたびに評価が高まる、第1小隊の「AV-0」。それと相反するかのように沈んでいく野明の心。苫小牧に帰郷し、かつての愛犬、アルフォンスとの死別を思い返す野明。迎えにきた遊馬と共に東京へ戻る二人に、第1小隊援護のため、緊急出動の命令が下る!