西暦2500年。宇宙海賊によって闇に包まれた地球。シャーク隊長率いるセイザーXの三艦隊は、宇宙の平和を守るため、決死の覚悟でタイムスリップを敢行した。そして西暦2005年。平和な時代の地球に宇宙海賊デスカルが襲来!彼等の目的は地球に存在する12個のコスモカプセルを獲得することだった…。F1レーサーを目指す若者・安藤拓人は、幼い頃から祖父・宗二郎に聞かされてきた「宇宙海賊」が遂に来たことを知る。2005年に到着したセイザーXのクルーの一人・レミーに出会った拓人は、宗二郎から託されたストレージリングを手に、戦艦ライオキャリアーに乗り込む!
セイザーXは宇宙海賊の地球制圧を阻止するために2500年からやってきて、海賊より先にコスモカプセルを獲得するのが 目的だった。拓人はレミーたちから事情を説明され、協力を約束するが、祖父・宗二郎に生半可な気持ちならやめておけと言われてしまう。一方、カプセル反応によって都内のビルに来たアドは、警備員のバイトをしていた拓人に出会う。拓人はビルのオーナーにカプセルをもらおうとするが…。
突如出現した恐獣ウィンミラーへの対処の仕方で対立する拓人とアド。地球人を守ることよりカプセル獲得を優先させるアドに拓人は不満を抱いていた。アドは一度過去に来たらもう未来に戻ることは出来ないことを伝え、お前とは覚悟が違うと言う。再び恐獣が出現、出撃しようとする拓人たち。だがアドは風の谷に水将軍がいたことから、ここに恐獣の本体がいると推理、拓人たちを呼び寄せる。アドを信じて拓人は風の谷に向かうのだが…。
拓人の家にケインが居候を始めた。春子や由衣に歓迎され、しかも宗二郎に修理を教わるケインを拓人は面白くない。一方、海賊船内にあった地図を元に三将軍はカプセルを探していた。出動した拓人とアドは恐獣バードレスを相手に苦戦、撤退を余儀なくされる。呼びかけに応じなかったケインに怒り心頭の拓人だが、アドが海賊に追尾装置を仕掛けたことを知り、再び出動する。だが将軍たちは月面に再びバードレスを出現させる!
ケインが手に入れた古文書にコスモカプセルらしきことが載っていることを知った拓人たちは、古文書の暗号を解きながらカプセルを捜索する。だがカプセルが一度1960年にシャークが使って散らばっていることから、レミーは半信半疑だった。一方、三将軍も同じ付近で反応が出たことからカプセルを探していた。古文書のカプセルがシャーク4だと分かると、シャーク隊長を父親のように慕うレミーは必死になる。やがて洞窟の中にカプセルがあると知ったセイザーXと三将軍は…。
サイクリードはコスモカプセルのエネルギーを使い、クワガタを恐獣化して暴れさせる。そしてアドをレゼッカーに襲わせて、セイザーXの分断作戦を図ろうとする。拓人は「そのまま恐獣を倒せ」というアドの命令を無視してケインを援護に向かわせる。だがレゼッカーは倒せたものの恐獣による被害は大きかった。市民からセイザーXは敵と思われてしまい、一人苦悩する拓人だが…。
2500年。シャーク隊長は何者かに襲われて通信不能となった。2005年。意気消沈するクルーたち。コスモカプセルの反応があり、出動するも身が入らない。戦闘中は皆を懸命に励ますレミーだが、レミーにとってシャークは父親のような存在。一人シャークを思って泣くレミーに、宗二郎はシャークとのいきさつを語り始める。1960年。18歳の宗二郎は不時着してきた戦艦を目撃する。それが宗二郎とシャークとの出会いだった…。
宗二郎とケインが徹夜で改造したステップワゴン搭載のカプセルソナー反応に一人気がつく由衣。自分だってみんなの役に立ちたいという思いを胸に、一人カプセルを探しに出かける。そんな事とは露知らず、拓人は落ち込むレミーを、無理矢理ドライブに誘う。一方カプセルの反応を辿ってきたアドは、その場所で由衣と出会う。由衣を帰そうとするアド。だが由衣は強引にアドに付いていき、二人のカプセル探しが始まった…。
一人だけコスモカプセルを獲得できない火将軍ブレアードは船長に叱責されてしまう。ブレアードは、風将軍サイクリードのカプセルを勝手に持ち出して拓人をおびき出し、カプセルを奪おうとする。 まんまと計略にはまった拓人は、ライオブレイカーを奪われるも必死に食らいつく。ブレアードと共に海賊船に戻り、もみ合っている中でダストシュートに落ちてしまった。いがみ合っていた二人だったが、ダストシュートは中からは開かない仕組みで脱出できないと分かる!
突如現れたブレアードから女の子を庇い怪我を負う宗二郎。病院に駆けつける拓人だが、宗二郎に追い返されてしまう。一方宇宙海賊は、サイクリードが始祖鳥の化石に落雷エネルギーによるビームを照射、合成恐獣グラプターを完成させる。しかしその時の衝撃でバーダー船長にも電撃が走り、なんと爆発してしまった。そこには黒焦げになっている機械の残骸だけが残っていた……!!
イギリスから一時帰国してきた拓人の父、俊作。久々の再会もままならぬ内にカプセル反応現場へと急行してしまう拓人。安藤家で再会をかみしめる中、俊作は息子の拓人がセイザーXとして戦っていることを知る。彼は、自分の体が弱かったために戦うことが出来なかったという悔しい思いを実は持っていたのだった。一方、拓人達が向かった先には、宇宙海賊がセイザーXと決着をつけるためにバンケーンを出動させていた!! そんな中、謎の女性グローザがセイザーXと宇宙海賊の前に現れて……。
レミーの故郷、ルーエ星が消滅する様をわざわざ見せ付けたグローザ。新たな怒りが湧き起こる拓人。アドとケインは、グローザは≪ネオデスカル≫ではないかと推測する。一方、グローザからの助言を受けた宇宙海賊は、ブレアードに恐獣化光線を発射し、巨大化させる。迎え撃つ3戦艦とコアブレイバーであったが、巨大ブレアードには歯が立たない。グレートライオvs巨大ブレアードの死闘が繰り広げられる!!
今日は12月24日。クリスマスなのでパーティーを開く安藤家。厳しい戦いに漸く一区切りが付いたとはいえ、とても楽しんでいられないといった様子のセイザーXの面々。だが、安藤家の優しさにつられて、次第につかの間の休息を楽しみ始める。話は今までの戦いになり、自然にお互いの信頼関係を確かめあうセイザーXだった……。
宇宙海賊を倒し戦いに決着をつけたセイザーXはそれぞれ平和な日々を噛みしめ、これからの自分達の行き方を考え始めていた。一方、G2がワームホールを進む一隻の艦を発見、それは未来が変わり自分達に会いに来たシャーク隊長だと信じるレミー。だが到着したはずの艦からの連絡はなく、突然見たこともない恐獣が街を襲い始めた。それは2500年からやって来たネオデスカルの仕業だった。結局、未来は何も変わっていなかったのか……?! 過去と現在と未来を繋ぐ壮大な物語は、第2章に突入した!
未来からやってきたネオデスカルのガレイド、グローザによって、シャーク4以外のコスモカプセルを奪われてしまったセイザーX。力の差に愕然とするセイザーXだが、追い討ちをかけるように新たな艦がワームホールを突き進んでいた……。一方、ネオデスカルに反発するブレアードはスタッグ7を持ち出し拓人を倒そうとする。その頃ネオデスカルと行動を共にするアクアルもまた、コスモカプセルで拓人たちをおびき出そうとしていた。
セイザーXを助けるため2500年からやってきたシャーク隊長。だが戦ってきたクルー達に、労いの言葉をかけない隊長を、素っ気なく感じて気にいらない拓人。一方ネオデスカルはサイクリードに、コスモカプセルを使って未来恐獣デスパーをパワーアップさせるように命じる。しかしネオデスカルの言いなりになりたくないブレアードは、今度は大量のコスモカプセルを持ち出して拓人をおびき出そうとするが……?!
コスモカプセルごと安藤家に連れてこられたブレアード。カプセルを渡そうとしないブレアードを殺して、カプセルを取り戻そうとするアドを、「殺戮のためではない」と止めるシャーク隊長。一方ワームホールを突き進む艦がまた発見された。それはシャーク隊長に奇襲を仕掛けた「ジャッカル」だった。ジャッカルの正体を尋ねるセイザーXだが、シャーク隊長は口を閉ざす。なんとかブレアードからコスモカプセルを取り戻そうとする拓人を、ネオデスカルの刺客・怪人ピアーズの毒針が襲う!
戦艦の中だと戦闘に支障が出ると、安藤家の庭に移されたブレアード。未来のテクノロジーで作られたバリアーによって、庭から出られないブレアードは、次第に安藤家に馴染んでしまう。一方未来ではネオデスカルがルーエ星に続き、アドの故郷・ビオード星への攻撃を始めていた。さすがに動揺を隠せないアド。ブレアードに仲間達を説得してもらい、宇宙へ帰ってもらおうと考えるが、そんなアドにブレアードは驚愕の事実を知らせる。
故郷のビオード星がこの戦いのきっかけを作ったと知り動揺するアドは、戦闘でもミスをしてしまいシャーク隊長から出撃禁止の命令を受けてしまう。ショックのあまり失踪していたアドを探し回るレミーたち。なんとかアドを見つけるが、彼の心の傷はなかなか癒えそうになかった。一方、ガレイドはコスモカプセルを囮にブレアード奪還作戦を実行する!
宗二郎がネオデスカルに捕まった!!レミーはシャークに連絡をするが、シャークはジャッカルに邪魔されて応答することが出来ない。アドたちは自分達だけで宗二郎を助けに行くことを決意する。だがそんな中、ケインだけはひとり浮かない顔をしていた。実はケインは、グローザからある取り引きを持ちかけられていたのだ…!!
シャーク隊長の命令で久々の休暇をとったセイザーXたちは、地球に良く似た緑の惑星にピクニックに向かう。レミーは出発前にひとりのサッカー少年に出会う。少年は負け続きで落ち込むチームメイトを元気つけようと、「あの木村和司が試合を観に来る」と言ってしまい、悩んでいたのだ。仲間を思いやる気持ちに共感し、彼の願いを叶えるため、奔走するレミー。一方、ネオデスカル戦艦に戻ったブレアードは、ジャッカルと共に艦を脱走して……。
セイザーX、ジャッカル&火将軍、ネオデスカルの3者が、新しいコスモカプセル反応をキャッチした。シャーク隊長の命令を無視し単独行動をとった拓人が最初にコスモカプセル・スピア8を発見するも、ジャッカルの奇襲に遭い、カプセルを奪われてしまう。まずは傷を治せとシャーク隊長に言われる中、「明日はシャーク一人で来い」というジャッカルの言葉を胸にしまう拓人。そして約束の時間、一人向かった拓人はライオセイザーに装着、ジャッカルに戦いを挑む!!
ガレイドは怪人アリゴードを引きつれ、スピア8を使いセイザーXをおびき寄せる。駆けつけた拓人、アド、ケインが装着しようと腕をクロスさせると、ガレイドが時空シールダーを発動、ナックルクロスをシールドで覆ってしまった! 装着できない3人をまんまと捕らえたガレイドは、残ったセイザーXのクルーにコスモカプセルとの交換取引を持ちかける。レミーをはじめとした各戦艦のサブクルーは、3艦長の救出ミッションを開始する!!
宇宙海賊が12個のコスモカプセルを集め地球制圧の願いを唱えた「Xデー」まであと3日。100万年に一度開く地下の扉から、第4の将軍・雷将軍サンダーラが現れた。元々の歴史では雷将軍と火将軍ブレアードが恋に落ちるはずであったが、雷将軍は最初に出会ってしまった拓人に恋をしてしまう……!! 雷将軍に恋をした火将軍は、高まる胸の鼓動を抑えることができるはずもなく……。
拓人に恋をした雷将軍。一緒に暮らしてくれたら、最後のコスモカプセルの在り処を教えると拓人に言う。覚悟を決め約束の場所に姿を現した拓人だが、雷将軍はすべてを見抜いていた。「自分の気持ちに嘘をついてまで、コスモカプセルが欲しいなら、自分の力で奪うだー」雷将軍は、湖から雷神ゴードを出現させる! なんとゴードの中にコスモカプセルが眠っているのだ!! そして雷神ゴード、セイザーX、ドリルアングラー、ネオデスカルの四つ巴の戦いが始まる!!!
宇宙海賊が地球を制圧したとされる「Xデー」まで、あと1日に迫っていた。未来からの通信を受け焦るガレイドは、グローザの隠し部屋から偽コスモカプセルを見つける。ガレイドに騙され、本物のカプセルだと信じたセイザーXが偽のカプセルをG2に転送した直後、G2から電撃が走り動かなくなってしまう。カプセルの転送が出来なくなったセイザーXは、カプセル技を使えずガレイドに追い詰められてゆく!!
遂に「Xデー」当日!2500年の未来ではネオデスカルの大船団がワームホール突入を目指していた。トビーは苦渋の末、ワームホールの自爆スイッチを押す。しかし1隻だけが、消滅寸前のワームホールに突入していた……。一方、ガレイドはグローザの隠し部屋からさらに置き土産を発見。操作マニュアルを片手に、ガレオローグをガレオキングに変形させ、セイザーXを襲う!!
ワームホールの空間のゆがみに飲み込まれてしまったアドルイーグル。必死に呼びかける拓人たちの前に、突然現れる一人の女性・パトラ。彼女はネオデスカル戦艦・ネオデアークに潜入して未来からやってきた、ゴルドの妻だった! 一方、ネオデスカルが気に入らないブレアードは、拓人に協力を申し出る!! 過去と現在と未来を繋ぐ壮大な物語は、最終章に突入した!
パトラの何気ない一言からヒントを得たレミーは、アドを異空間から脱出させる方法を思いつく。コスモカプセル同士の反応を利用する計画をたて、セイザーXとブレアードは宇宙に出動する。一方、ネオデアークには、人格が変わってしまった風将軍サイクリードの姿があった。宇宙に出動したセイザーXの目を月面から逸らしたいネオデスカルは、サイクリードに時間稼ぎをさせる。サイクリードは、未来恐獣ディロスを送り込む!!
無事にアドたちを異空間より救出したが、激しく損傷を受けたセイザーX。シャーク隊長はメンバーに特別任務を与え、なぜか拓人たちは旅館で働くことになった。慣れない仕事に戸惑いながらも、温泉につかって地球の素晴らしさを改めて感じる。その頃ネオデスカルの企みを探るシャーク隊長は、不審な動きをするサイクリードを監視していた。ネオデスカルは、闇の侵食装置「ダークアルマー」を月面に建設していた……。
合体恐獣レイミラードが複数の場所に現われた。 レイミラードを迎え撃つため、分散して出撃するセイザーX。 グレートライオが本体と対峙するが、シンクロ装置によりレイミラードはサイクリードと融合。 その素早い動きと攻撃に苦戦を強いられる。 そんなグレートライオを援護するブレアードだったが、レイミラードへのダメージがサイクリードに及ぶと解り・・・
シャークの命令により、各々アルバイトをすることになったセイザーX。一方、サイクリードは究極の怪人アルティメットを完成させていた。相手のパワーを吸い取り属性を変化させるアルティメットに苦戦するセイザーX。火属性になったアルティメットがビートルセイザーに迫った時、コスモカプセル・ビートル3がG2から勝手に転送され、不思議な光でビートルセイザーを包み込んだ・・・!
コスモカプセルが持つはずの無い意志を持ち始めた。それは未来が変わり始めているということなのか。戦い以外に自分が出来ることがないかと思い始めた拓人。三将軍に宇宙に帰ってもらうのが最善の策と考えた拓人は、ブレアードと共にアクアルを説得しようとする。一方、闇の誘導装置を設置しようとしていたネオデスカルは、サイクリードに不穏な動きをするアクアルを攻撃させる・・・
アクアルを説得しようとして逆にネオデスカルに捕まった拓人とブレアード。2人を狙うアクアルだが、攻撃は2人を縛っていたワイヤーに当たった。動けるようになった2人はネオデスカルに戦いを挑むが、バレーダの攻撃に歯が立たない。そこへイーグルとビートルが現われ、なんとかピンチを逃れた。アクアルの情報を信じた拓人たちはサイクリードの企みを暴こうとするが、そこへ再びアクアルが現れて・・・
シャークが宇宙海賊の末裔だった!コスモカプセルの消滅=シャークの消滅に繋がるのではないかと、複雑な心境のセイザーX。そんな中、分身攻撃が得意なディバイダーの本体を見つける為に、攻撃をしかけたレミーは怪我をしてしまう。父親であるシャークが消滅する時、自分も消える・・・。そう思い無謀な行動に出たレミーに、宗二郎は真実を語りはじめる・・・
遂にダークアルマーが完成した!ネオデスカルは地球を未来と同じ闇にしようと、暗黒恐獣ダークゲランを地球に送る。ダークアルマーから発せられた闇は、ダークゲランに引き寄せられ地球に向かっていた。発射地点と到着地点を攻撃しなければ、闇の侵蝕は止められない。だが攻撃が効かないと解り、アドルイーグルはダークアルマーに突入する・・・!
コスモカプセル・ライオン1を取り戻すため、ネオデアーク艦内でバレーダ、ネオデスカルと対峙するレミーとライオセイザー。一方地球では、暗黒恐獣ダークゲランの闇に囚われたシャークリーガーを助けるため、三将軍がドリルアングラーに乗り込み参戦する。セイザーXとの連携攻撃でダークゲランを倒したが、一筋の光に導かれるように残骸が寄り集まり始める。ネオデアーク艦内のレミーとライオセイザーは、無事にコスモカプセル・ライオン1を取り戻せるのか!そしてダークアルマーの復活が意味するものとは一体・・・?
ダークゲランの体内で≪ブラックライオ≫となったネオデスカルと戦うライオセイザー。ブラックライオの胸に輝くコスモカプセル・ライオン1を取り戻そうとするライオセイザーだが、ブラックライオの攻撃に歯が立たない。イーグルセイザー、ビートルセイザー、そして火将軍ブレアードはライオセイザーと共に内側からダークゲランを攻撃しようと、コアブレイバーでダークゲランの体内へ侵入する・・・!いよいよ『超星艦隊セイザーX』最終回!過去と現在と未来を繋ぐ壮大な物語は、いま、新たな未来を紡ぎだす!!