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Stage1 「消せない夢」
辺境の星で暮らす凪沙、智恵理、優歌、織音は幼き頃、
禁断のゲリラライブに衝撃を受ける。
そして、星暦0048年憧れの「AKB0048」オ―ディション開催を知る。
現実と夢の狭間で葛藤する少女達が選ぶ道は・・・
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Stage2 「選ばれし光」
宇宙港から船に乗り、二次審査会場へ向かった凪沙たち。
船にはほかにも同じオーディションを受ける予定の少女たちが乗っていた。
だがそこへ、オーディションの情報を掴んだDES軍が現れ、船を制圧。
凪沙たちを拘束しようと乗り込んできた……!
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Stage3 「星屑セレクション」
いよいよ二次オーディション開始。その課題は「歌って踊らせること」。
自分たちが踊るのではなく、ゲリラライブを行うAKB0048の護衛をすることだった。華やかな芸能の世界に憧れて集まってきた少女たちに、戦闘経験などあるわけもなく……。突然始まった過酷な戦闘訓練とつらい生活環境に、候補生たちの不満は募っていく。
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Stage4 「その努力裏切らない」
オーディションに合格し、晴れて研究生となった7人。
彼女たちはついにAKB0048のホーム・アキバスターへと到着する。
着いてすぐに案内されたのは、もちろんAKB0048劇場。
そこではちょうど、第75期研究生の2人が前座公演を行っていた。
ところが、会場のファンのノリはいまいちで……。
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Stage5 「それぞれの休日」
研究生となって1ヶ月。すっかり共同生活にも慣れた凪沙たちに、月に一度の完全休養日が訪れた。自主練をしようとしたものの、ツバサに「有意義な休みを」と言われ、悩んでしまう。
そんな中、1人、輪から離れていく智恵理。彼女を追いかけて凪沙も街へと出かけていく。この機会に、智恵理とちゃんと話したいと思ったのだ。ほかの仲間たちも思い思いの休日を過ごすうち、襲名メンバーと出会い……。
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Stage6 「初めての握手会」
77期生のお披露目イベント・握手会の日が近づいてきた。
ある日、織音の元にファンレターが届けられ、凪沙たちは色めき立つ。だが、再生されたデータから流れてきたのは織音に研究生辞退を迫る脅迫映像だった……。動揺し、レッスンでも精彩を欠く織音。智恵理から厳しい言葉を受けた彼女は、思わず部屋を飛び出してしまう。
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Stage7 「襲名キララ」
襲名メンバーが劇場に出演できない場合に備え、代役を研究生が務めるというアンダー制が導入されることになった。77期生からはただひとり、智恵理が優子のアンダーに選ばれる。不満を持つ76期生。今やすっかり優子推しとなった凪沙も複雑な感情を抱くが、智恵理が優子のアンダーになりきろうと一生懸命なのを知り、そんな気持ちは吹き飛んでしまう。
しかし、76期生が智恵理が隠し続けてきた秘密を暴き……。
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Stage8 「その名は、誰のもの?」
AKB0048の次のライブは完全芸能禁止の星、ツンドラスター。
DES軍との戦闘は避けられず、何が起こるかわからない強襲ライブになることが予想され、特別措置としてアンダーの研究生が入ることになった。
彼方、美森、76期生からは恵に加え、77期生が全員入る、という発表に不満の声を上げる76期生たち。
その様子を見ていたたかみなは……。
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Stage9 「キモチリレーション」
DES軍のゼロゼロ包囲網は想定以上、厳重な警戒態勢が敷かれる中、いよいよツンドラスターでのライブに臨むメンバーたち。落ち込んだままのたかみなに、ツバサは待機指示を出す。初めてのライブを前に77期生たちはテンションが上がる中、複雑な想いを抱えるメンバーたちがいて……。
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Stage10 「波間のキセキ」
AKB0048の新しい写真集が出版されることになった。今度は研究生も含めた全メンバーが対象になるという。恥ずかしがりつつも、熱心にポーズ研究に取り組む凪沙たち。その中でただひとり、真琴だけは浮かない顔をしていた。実は最近高カロリーの食べ物にハマって、スタイルが大きく崩れてしまっていたのだ。しかし撮影日はもう目の前。ダイエットが間に合うはずもなく……。真琴のピンチに、鈴子が授けた作戦とは!?
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Stage11 「ランカスター再び」
凪沙たちの故郷、藍花星(ランカスター)でのライブが決定! しかも研究生のお披露目公演も予定されているという。まだ正式な劇場デビューもしていないうえ、あまりに急な話で、77期生は嬉しさよりも緊張が先に立ってしまう。
ライブでは、代々のセンターノヴァが新人時代に抜擢されて歌ってきたソロ曲『渚のチェリー』も披露される。その上、久しぶりに作られた0048の新曲を研究生たちが歌うと知って、ゆうこは激しく動揺する。
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Stage12 「歌をうたうアイドル」
凪沙たちが故郷の星から飛び立った後、藍花星では急激な芸能禁止運動が起こっていた。芸能推進派は次々と逮捕され、凪沙の父も娘が0048のメンバーになったことを問題視されて投獄。また、友歌の友だちだった護は、WOTAの藍花星支部に身を投じていた。
父を助けるため、WOTAと一緒に収容施設に向かう凪沙。だが、父は彼女のことを拒絶して……。
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Stage13 「笑顔のために」
ついに研究生公演の幕が上がった。そこへかつてない数のDES軍が襲来! ライブ半ばにして、フライングゲットは撤収を余儀なくされる。
ツバサはメンバーの反対を押し切り、藍花星での公演中止を決定。
故郷を想う凪沙たちと、メンバーの安全との板挟みになったツバサの脳裏に浮かぶのは――!?