砂漠に堕ちた男には、記憶がない。男は兜甲児に拾われ、大介と名付けられた。夢のクリーンエネルギー光子力により成した財で、大富豪と正義の味方、2つの顔を持つ甲児は、どこか陰があるも非凡な才能を持つ大介に信頼を寄せて行く。穏やかな日々が続くと思われていた中、未確認空中現象が世界中の大都市上空に出現する。それは地球から遠く離れた星系より襲来したベガ星連合軍だった。地球の兵器を遥かに凌駕するベガの前に蹂躙される人類。プールの水を割って屹立する鉄の城マジンガーZ、地球最後の希望も異形の兵器円盤獣を前に苦戦を強いられる。絶体絶命の中、砂塵を舞い上げ現れたのは、異星の魔神グレンダイザー。乗っていたのは大介、彼は故郷フリード星を追われた王子デューク・フリードだったのだ──
■キャスト
デューク・フリード:入野自由
兜甲児:下野紘
弓さやか:上坂すみれ
牧葉ヒカル:東山奈央
グレース・マリア・フリード:田中美海
テロンナ・アクア・ベガ/ルビーナ・ベリル・ベガ:戸松遥
ナイーダ・バロン:佐倉綾音
カサド・ゼオラ・ホワイター:内田雄馬
弓弦之助:速水奨
宇門源蔵:桐本拓哉
ガンダル:子安武人
レディガンダル:渡辺明乃
ブラッキー:高木渉
■スタッフ
原作:永井豪
総監督:福田己津央
監督:久藤瞬
シリーズ構成・脚本:大河内一楼
脚本:樋口達人
キャラクターデザイン:貞本義行
サブキャラクターデザイン:アラキマリ
メカニカルデザイン:稲田航
AF_KURO
阿久津潤一(アストレイズ)
デザインワークス:ピナケス
青木智由紀
禅芝
吉永真人
メインアニメーター:大河広行
橋本敬史
山根理宏
吉田徹
美術監督:加藤浩
坂上裕文(ととにゃん)
色彩設計:𠮷村智恵
撮影監督:臼田睦(Nexus)
音響監督:長崎行男
音響効果:和田俊也
宅間麻姫(スワラ・プロ)
音楽:田中公平
音楽制作:ポニーキャニオン
アニメーション制作:GAINA
砂漠に堕ちた男には、記憶がない。大介と名付けられた男は自分を拾ってくれた兜甲児と意気投合する。その後、未確認空中現象が地球に襲来、地球の希望マジンガーZも破れ絶対絶命の中、巨大ロボット・グレンダイザーが現れ、未確認戦力を撃退する。乗っていたのは大介。彼は故郷を追われた宇宙の王子デュークフリードだったのだ。
ベガ星連合軍を撃退したデュークだが、我を忘れてリヤドから飛び去り、絶海孤島・逢神島へと不時着する。後を追ってきた甲児に、グレンダイザーを暴走させ大事な人を失った過去を打ち明ける。グレンダイザーに誘われ踏み入った遺跡で、島の巫女ヒカルと出会ったのも束の間、デュークの両親の仇であるカサドが地球を強襲する。
卑劣なカサドに燃え上がるデュークの怒り。それはグレンダイザーを再び暴走させかけるが、デュークは甲児との約束を思い出し踏みとどまる。再びグレンダイザーに乗ってしまったことを悔やむデュークを感謝の歓声が暖かく包む。地球を救ったデュークを光子力研究所の一同は歓迎するが、弓教授は宇宙人であるデュークに・・・
フリード星の幼なじみ・ナイーダとの再会。ナイーダが歌う故郷の歌はデュークに束の間の安らぎをもたらす。しかし、彼女は弟・シリウスの仇としてデュークに近づいたのだった。果たすべき使命とフラッシュバックする遠い記憶、愛憎相半ばした兇刃が迫る。突き付けられた刃に抗えないデュークへ残酷な真実が明かされる。
デュークの妹・マリアが、兄を追って地球にやって来た。しかし、恒星間飛行といった技術がない未開の惑星・地球を、マリアは少女らしい傲慢さで見下す。喧嘩を売られて黙っていられない甲児。地球がフリード星に劣っていないところを見せようと奮起する中、ベガ星連合軍が襲来する。危機に直面し助け合う地球人を見てマリアは・・・
デュークの親友ともいうべきスターカーの女騎士・テロンナが地球に降り立った。これまでのベガ星連合軍と違い、正々堂々の勝負を持ちかけるテロンナに対峙するデューク。フリード星を滅ぼした惑星大罪人と決めつけ断罪するテロンナだったが、交えた剣から感じたのは、真っすぐ頑なで強く優しいあの頃のままのデュークだった。
逢神島では超古代遺跡の調査が進み、グレンダイザーとの関係が明らかになろうとしていた。一方、ベガスターには科学長官ズリルが着任し、グレンダイザー攻略の切札となる新兵器を投入する。想定外の戦場へ引きずり込まれ、大苦戦するグレンダイザー。遺跡の深部で未来を視たマリアは、ヒカルからこの星を護る力を託される。
「フタリダケデアイタイ」。円盤獣に浮かび上がったメッセージを受け取ったデュークは、地球に降りて来たルビーナと浅草で再会する。フリード星での惨劇の事実を語り悔いるデュークと、彼に寄り添おうとするルビーナ。しかし、そこへテロンナが現れ、デュークをつけていた甲児たちも加わり、二人の想いとは別に事態は混迷して行く。
ルビーナの邂逅は弓教授の疑心を招きデュークは監禁されてしまう。新型マジンガーの完成を間近にして直接攻撃を受ける光子力研究所。ブラッキー隊長率いる近接戦闘部隊に侵入され所内は戦場と化す。すんでのところをデュークは宇門に救われグレンダイザーで出撃。そこで待っていたのは、憎しみの炎を氷の刃に変えたテロンナだった。