数々の難事件を解決する高校生探偵・工藤新一は、ガールフレンドの毛利蘭と遊園地でデート中、ジェットコースターで殺人事件にまき込まれた。ズバ抜けた推理力で事件を解決したが乗客の中にいた怪しげな黒服の男たちが現金受け渡しする犯罪現場に遭遇。現場の証拠を押さえようとするが背後から襲われ気を失ってしまい・・・。
黒服の男に殴られ意識を失った新一が目覚めると、飲まされた毒薬のせいで身体が小学生くらいまでに縮んでしまっていた。新一は小学生・江戸川コナンと名乗り、黒服の男たちの情報を得るため私立探偵の父を持つガールフレンドの毛利蘭の家に居候することに。すると金持ちの娘が黒ずくめの男たちに誘拐されたという話が入る。
毛利小五郎の事務所に、アイドル・沖野ヨーコが訪ねてきた。何者かに後をつけられたり、部屋に侵入されているというのだ。調査のためコナンたちがヨーコの部屋に入ると、そこには男の刺殺死体があった・・・。コナンは小五郎を気絶させ、阿笠博士が発明した蝶ネクタイ型変声機を使って小五郎の声で事件の謎解きを始める。
偶然、謎の図形と「ORO」という文字が書かれた暗号のような紙を手に入れたコナンたち。宝の地図に違いないと、早速捜索を開始。その暗号は、イタリアの強盗団が隠したという金貨のありかを示したものだった。
京都に向かう新幹線でコナンに毒薬を飲ませた黒服の男たちそっくりな二人組に出会う。様子を探るため、盗聴器を仕かけたところ、アタッシュ・ケースに爆弾をセットし、新幹線ごとあと40分で爆破するという声が…。
蘭が医大生の克彦主催、バレンタインパーティーに招かれた。彼のテニス仲間も集まる大パーティーで、仲間の一人・好美が贈ったチョコレートを食べた克彦が、苦しみ出し死亡する。そこで、コナンは推理を働かせる。
毛利探偵事務所に小川という依頼人がやってきた。2年前から、毎月オモチャと現金が送られてきて、今日送られてきたものには現金と意味不明の手紙が添えられていた。小五郎は手のこんだイタズラだと断定するが…。
夜な夜な甲冑の騎士が歩き回るというウワサの美術館。だがそこでコナンたちが見たのは、「天罰」と題された絵画の後ろで、絵と同じように喉を剣で串刺しにされて絶命している新オーナー・真中の姿だった。
春祭りの夜、ホテルの居室で作家の今竹智が殺害された。友人の作家で祭に来ていた笹井が疑われたが、笹井には、蘭が撮った写真があり、アリバイがあった。コナンは、そのトリックをどうにかして見破ろうとするが…。
毛利探偵事務所に赤木量子と名乗る女子高生が、新一を探してほしいと依頼してきた。量子と会った事もないコナンは戸惑うばかり…。蘭とコナンは、その依頼が、あるプロサッカー選手の脅迫事件と関係する事を知り…。
謎の依頼人に月影島に呼び出されたコナンたち。依頼人は12年前にピアノソナタ「月光」を弾きながら死亡した有名なピアニストだった。島に着いた夜、「月光」の第一楽章と共に資産家が殺され、次々と殺人事件が・・・。
公園でかくれんぼをするコナンたち。二時間たってもみつからない歩美にコナンがトランシーバーで連絡を取ると、歩美はなんと車のトランクの中。しかも、それは少女連続誘拐殺人事件の犯人の車だった!
毛利探偵事務所に広田雅美と名乗る娘が、東京に出稼ぎに来て行方不明になった父を捜してほしいと依頼に来た。コナンたちは競馬場で広田を見つけ出し、雅美との感激の再会となったが、その翌日、広田が絞殺された。
土手の向こうのビルの屋上で二人の男に拳銃を向けられライフルを構えている男を目撃したコナンたち。現場に駆けつけると、謎の数字を表示した電卓が置かれていた。これは男がコナンに残したメッセージだろうか。
猫を探す依頼を受けたコナンたちは、猫が出てきた家の浴室で男の死体を発見した。しかし通報で駆けつけた目暮警部が、その家を捜索するが、死体も血痕も残っていない。警部は、コナンの通報がウソだと判断するが…。
コナンたちが、資産家の丸伝次郎の屋敷に妻の浮気調査報告のために訪れていた時、伝次郎自身が何者かによって殺された。残された伝次郎の手帳に名前が書き込まれていたのは4人。はたして、この中に犯人がいるのか?
ヤイバーと悪役ジョッカー軍団の対決ショーを見にデパートを訪れたコナンたちは、閉店後のデパートに取り残されてしまう。警備室に行ったコナンたちは、そこで閉店後のデパートを狙う強盗団に遭遇してしまう。
今日は新一と蘭の中学の恩師・松本小百合先生の結婚式。式の直前控え室に一人で残った小百合は、苛性ソーダが混入されたレモンティーを飲み吐血して倒れていた。容疑者は新婦の控室に出入りしたものに絞られる・・・。
蘭がトップデザイナーの芦屋映子に声をかけられ、ファッションモデルにスカウトされた。衣装合わせのためビルに向かった蘭とコナンは、そこで映子の秘書が殺害されているのに出くわした。犯人は男のようだが…。
歩美が幽霊屋敷を見つけてきた。コナンたち少年探偵団は、さっそく幽霊退治に乗り出すことになった。五年前から誰も住んでいないはずの屋敷なのに、誰かが出入りしている形跡がある。果たして本当に幽霊なのか?
人気アイドルが出演するドラマのロケが神社で行われた。撮影中、厭味な言動で座を白けさせていた撮影助手の安西が、その日の夜、神社の境内で血まみれで倒れていた。手掛かりは血で書かれた「コマイヌ」の文字だけ。
旗本島に旅行に来たコナンたち。偶然、島の旧家一族が貸切りにした豪華客船に乗せてもらうことになった。だがその客船の中で、一族の当主・豪蔵が殺害された。遺産分配をめぐっての争いだろうと推察されるのだが…。
旗本一族のチャーターした豪華客船内で、当主の豪蔵が刺殺され、孫娘の夏江と結婚式を挙げたばかりの花婿・武が犯人と疑われ、倉庫に監禁された。これで一件落着かと思われたが、惨劇の幕はまだ下りていなかった。
二か月前にコナンの推理で逮捕された保険金殺人犯・湯田が、刑務所を脱走した。いつものようにコナンが小五郎の声を使って事件を解決したとは知らない湯田は、小五郎を恨んでいた。小五郎に魔の手がしのびよる。
蘭の同級生・直子が誘拐された。身代金の受渡しが埠頭で行なわれたが、逃走中、車が海に転落する。引き上げられた車には、直子も犯人も姿がなかった。コナンは直子たちが生きていると確信し、推理をはじめる…。
ある夜、コナンが小五郎と蘭と共に坂口家の前を通りかかると、犬の鳴き声と悲鳴が聞こえ、家の中では倒れた男性と唸っているジョンの姿があった。人懐っこいジョンが訳もなく人を襲うとは考えられないのだが…。
小五郎の大学の同窓会が開かれることになった。由美は卓球の誘いに一人だけ疲れたから休むと言って部屋に戻ってしまう。卓球を楽しんだ後、花火大会にでかけ部屋に戻ると、側頭部を銃で撃ち抜かれた由美の姿が。
小五郎の大学の柔道部の同窓会で柔道部のマドンナだった由美が死んだ。旅館に着いてからずっと様子がおかしかっただけに、自殺かとも思われたが、拳銃自殺特有の形跡がないことから自殺に見せかけて殺されたようだ。
コンピューター・ソフト会社の社長・大木田が死亡した。遺体に外傷はなく、毒物を飲んだ形跡もない。突然死かと思われたが、コナンは家中が快適な温度に管理されているのに、遺体が多量の汗をかいている事に気づく。
小五郎は、弁護士の巽から妻の浮気調査を依頼された。だがその日、巽の妻は自宅で遺体で発見された。死亡推定時刻に小五郎と一緒にいた巽には完璧なアリバイがあるはずだが、コナンは何か釈然としないものを感じる。
テレビ番組のプロデューサー・諏訪が、ミーティングルームで殺された。ADに諏訪に電話をするよう指示した松尾に疑いがかかるが、生番組の司会をやっている自分に犯行は不可能だと自分のアリバイに自信たっぷりだ。
蘭が新一とデートだと言って出かけた。新一は自分なのに…。と不安になったコナンは無理やり待ち合わせの喫茶店までついていく。客の観察をしているその時、トイレから男の絶叫が店内に響きわたった。
阿笠博士とキャンプにやってきたコナンと少年探偵団。宝物の在りかだという古い絵地図を博士からもらいはりきって宝探しに出発する。地図に従って森の中の目印をたどっていくと、途中で怪しげな二人の男に出くわす。
蘭とコナンは同級生・園子の別荘に招待された。蘭が森の中で顔に包帯を巻いた不気味な男に斧で襲われた後、山荘の電話線が切断され、吊り橋が落とされた。そしてその夜、脚本家の知佳子が包帯男に惨殺される。
包帯男に蘭が再び襲われたことで、全員が食堂で夜明かしすることになった。知佳子が連れ去られた時に首に付けていたチョーカーを綾子が玄関で見つけ、知佳子殺しの謎が新たに浮上する。
歩美が歯科医・沢木葉子に歯を抜いてもらった夜、あるマンションで殺人事件が起こった。第一発見者は隣室に住む葉子。葉子にはアリバイがある。コナンはどこかにトリックが隠されているとにらむが…。
小五郎に人捜しの依頼が来た。手掛かりは赤いスポーツカーのナンバーと、依頼人・典子が描いた似顔絵だ。小五郎は勝手に恋の相手だと決めつけるが、コナンは似顔絵の表情が陰険なのが気になり一人で調査を開始した。
赤鬼村の火祭会場で、燃えさかる櫓の中から焼死体が発見された。被害者の根岸は小五郎が阿部という男の依頼で3日間尾行をしていた相手だった。しかも阿部と根岸は友人で、互いに五億円の生命保険をかけていた。
資産家の一人娘・四井麗花の誕生パーティーに招かれたコナンたち。麗花の花婿と目されるヨットクラブのメンバーも招待されていた。そんな中で麗花が行方不明になり、二階堂が庭の噴水で溺死しているのが発見された。
資産家令嬢・麗花の別荘で花婿候補の一人、二階堂が不審な溺死を遂げ、蘭までもが同様の手口で襲われ、行方不明だった麗花も浴室で溺死体となっていた。コナンは死体の状況からシャワーを使ったトリックを見破る。
コナンたちは米花高校野球部の遠征試合を応援に来た。相手は昨年の優勝校。試合は米花高校が思わぬ逆転勝利をおさめたが、試合直後、相手校の理事長室で昨年の優勝旗がズタズタに引き裂かれているのが発見された…。
園子に誘われ、人気バンド「レックス」の打ち上げパーティーに参加した蘭とコナン。しかし、ボーカルの達也が、ヒット曲を熱唱した直後に吐血して倒れ、死亡した。コナンが調べてみると、青酸カリの臭いがした。