美雪似のモデルが行方不明になり、美雪は代わりに香港で行われるファッションイベントに出演する事に。はじめと美雪は香港へ行き、偶然会った後輩の佐木と行動を共にするが、美雪は何者かに誘拐されてしまう。美雪は人違いで誘拐されたのだ。この後、イベント関係者が集まったパーティーで第一の殺人事件が起きてしまう・・・。
毒殺されたチャンに続き、シンが撲殺される事件が起きる。事件関係者たちの意外な素性が次々と明らかになる中、ランが誘拐される新たな事件が発生。そして毒龍が何なのかも判明する。毒龍はワンがドラゴンアイと交換に手に入れたロシアの核爆弾。ランのタトゥーは爆発するかもしれない核爆弾の在処を示すものだった。
爆弾の爆発までは4時間。はじめは壁に書かれた数字2行の暗号を解読して爆弾の在処を特定する。この後、はじめはビデオ映像を見て、犯人がチャンを殺害したトリックを見破る。そしてシンの遺体が発見された部屋やホテルの衣装部屋を調べ、シンの殺害方法に推理を巡らせていたはじめは「謎は全て解けた!」と言い放つ。
九龍皇帝、ワン・ロンが3人の部下の裏切りによって殺害された20年前の事件に端を発した今回の連続殺人。はじめは犯人がチャンを毒殺したトリック、シンの遺体をホテルから自宅アパートに運んだトリックを解き明かした後、ついに事件の核心へと迫る。はじめは真犯人の毒龍の正体を暴き、事件の全貌を明らかにしていく・・・。
脱獄犯の朽沼は東京湾をクルージングする豪華客船へと逃げ込む。その客船は速水玲香のファンたちが集う貸し切りパーティーの会場だった。運が悪い事にパーティーには、はじめと剣持警部も参加していた。ファンを装いながら逃走のチャンスを窺う朽沼。はじめは朽沼の様子がおかしいと感じ、それとなく探りを入れていく。
はじめは美雪、玲香たちと共に財宝探しの番組ロケで絶海の孤島、恋琴島にやってくる。この島には時価4億円の金塊が眠るという。はじめたち参加者と番組関係者は行方不明になった天才物理学者の館に宿泊するが・・・。
蛍が自分の部屋で刺殺される第2の事件が起きる。部屋は密室状態で、殺害できたのはこの部屋で眠っていた玲香だけ。そして玲香が容疑者と疑われる中、新たな事件が起きる。
はじめと美雪は玲香の疑いを晴らすために皆から話を聞き、2年前に自殺したアイドルの存在が急浮上する。この後、はじめは錬金術館の秘密に気付いて事件の真相へ近づく・・・。
はじめは皆を大広間に集め、錬金術館で起きた恐るべき連続殺人事件の真相を解き明かしていく。消えた剣と密室のトリックを解いた後、はじめはくじ引きのトリックの種明かしと同時に真犯人の錬金術師の正体を暴く。
留年しそうなはじめは美雪、草太と共に厳しい指導で有名な極問塾を訪れ、相談室で絶命した茂呂井を発見する。この後、この事件には地獄の傀儡師、高遠が絡んでいると判明。はじめはこの挑戦を受けて立つ事に・・・。
樹海の中で行われる極問塾の合宿に参加したはじめと美雪。1日目、はじめは塾生から「この塾はあの人の亡霊に呪われている」と意味深な事を聞き、極問塾で茂呂井が殺害される前に誰かが死んだ事を知る。
夜、明智たちが樹海で近衛の遺体を発見したのを皮切りに月光荘と太陽荘で次々に塾生たちの遺体が見つかる。はじめは授業内容に見立てられた現場を犯人の挑戦状と受け止める。
はじめは太陽荘、明智は月光荘の捜査を開始。はじめは個別に事情聴取を行い、殺害された6人が藍野の死に関わっている事が判明。さらに氏家と藍野の意外な関係も明らかに!?
はじめは皆を太陽荘の食堂に集め、今回の連続殺人事件の真相を解き明かしていく。真犯人スパロウは太陽荘と月光荘に1人ずついた。はじめは犯行を計画した地獄の傀儡師、高遠も追い詰めるが・・・。
出発前にテロ予告が届いたJAM377便に搭乗したはじめ、美雪、剣持警部、明智警視。離陸後、機内の後方から煙が立ち込め、乗客たちはパニックになる。結局、煙玉によるイタズラとわかって皆が一安心したのも束の間・・・。操縦室で機長の志田が絞殺される。はじめは高度1万メートルの密室空間で起きた殺人事件に挑む。
はじめは乗務員の小金井、加賀谷、桃山、関口、容疑者の石田、大越を集め、今回の事件はテロに見せかけて巧妙に仕組まれた計画殺人だと事件の核心に迫る。はじめは犯人がアリバイ工作のために使ったトリックを暴く。そして、はじめは真犯人についても言及。驚く事に志田を殺害した犯人は1人ではなく2人だった・・・。
3年前、中学生のはじめと美雪は、同級生の岡崎、草太、鷹野、秋峰とキャンプ場を訪れた。そして、女子の美雪、鷹野、秋峰がシャワー中に事件が起きる。はじめは気落ちする美雪を見て「この謎は俺が解き明かしてみせる。ジッチャンの名にかけて!」と約束。そして、はじめは意外な真犯人を突き止めるが・・・。
中学3年の夏休み、水泳大会に向けてスイミングスクールで美雪から水泳の指導を受けたカナヅチのはじめ。その時、プールでは中学生の美波留、光世、流奈が高飛込みの練習をしていた。昔、この飛込プールで自殺した女の子がいたらしく、今も夜になると女の子の霊が現れるという。はじめは、飛込プールの悪霊の謎に挑む!
剣持警部が捜査を担当した3年前の女子高生死体遺棄事件。主犯格の毒島はわずか3年で少年刑務所を出所する。翌日未明、毒島は何者かに発砲されて顔をケガする。発見された凶器は剣持の拳銃で、剣持は前夜から行方不明になっていた。剣持に疑いの目が向けられる中、新たな事件が起きてしまう・・・。
ホテルのバスタブで魚崎の遺体が発見される。防犯カメラには魚崎を脅しながら歩く帽子、マスク、コート姿の男。それは剣持の帽子で、明智は剣持を魚崎殺害事件の容疑で全国に指名手配する。はじめは青井や湖森を訪ね、3年前の事件を調べる。はじめは毒島、多間木も狙われると予測し、次の事件を未然に防ごうとするが・・・。
毒島から助けを求める電話がかかってくる。毒島は何者かに追われてビルに逃げ込んだという。明智に助けられ、毒島は何とか息を吹き返す。この時、はじめは剣持がいる事に気付く。そこは密室の殺人未遂現場。明智は詳しい事情を聞くと剣持に手錠をかける。はじめは剣持が犯人じゃない証拠を必ず見つけると約束するが・・・。
はじめは剣持にかけられた疑いを晴らすために奔走。そして、美雪のおかげで真犯人、死刑執行人のトリックを見破ったはじめは明智に電話して「謎は全て解けた!」と伝えるが・・・。この後、明らかになる3年前の女子高生死体遺棄事件の闇に葬られた真相。死刑執行人に手を貸したのはまたあの男だった・・・。
遊園地の帰り、はじめと美雪は同じバスに乗り合わせた6人と共に眠らされ、廃病院のような建物に連れて行かれる。はじめたちが目覚めると、テレビに黒い覆面姿のゲームマスターと名乗る人物が映し出される。はじめたち8人は無差別殺人ゲームに強制的に参加する事に。はじめと美雪は生きてゲーム館から脱出できるのか・・・。
第二ステージは全員がクリアする。安堵したのも束の間、すぐに第三ステージが始まる。部屋には全員分のカップラーメン、箸が用意されていて、その中に1つだけ毒入りのモノがあるという。この後、いよいよ最後のステージのゲームがスタート。冷酷なゲームマスターは生き残れるのはたった1人だと告げる・・・。
生馬が殺害された部屋を検証したはじめは剣持からエチケットという言葉が何を意味するかを教わって事件の真相に近づく。はじめは美雪、剣持、宝樹、梢、杉本、美佳を廃病院に集め、「真犯人ゲームマスターはこの中にいる!」と言い放つ。はじめはゲームマスターの正体を暴き、事件の全貌を解き明かしていく・・・。
金田一一は美雪、剣持たちと香港にあるホテルにやってくる。はじめはホテルでマジックショーを開催するマスクマンの正体を地獄の傀儡師、高遠と疑って香港に来たのだ。ショー中、はじめは超能力催眠術をかけられる。ショー後、文香が殺害される事件が発生。現場にいた放心状態のはじめは犯人と疑われて・・・。
はじめは真相を自ら暴くため、協力者の周龍道と共にホテルから脱出。はじめたちは明智の昨日の足取りを追って地下壕に行き、松岡と四之宮と遭遇する。この後、四之宮が周龍道に襲いかかり、はじめは四之宮を押しのける。すると四之宮はそのまま倒れて絶命。はじめは気付くと、手にナイフを持っていた・・・。
香港で起きた連続殺人事件。高遠の罠にかかったはじめは殺人犯として警察に追われる事に。はじめたちが逃げた松岡を追って外に出ると、銃声が聞こえてくる。松岡は銃殺されていて、はじめはいつの間にか松岡のピストルを持っていた・・・。はじめは自ら事件を解決すると誓い、地下壕や旧館を調べるが・・・。
岩窟王は地獄の傀儡師、高遠が考えた巧妙なトリックを使い、はじめを催眠殺人の犯人に仕立て上げたが・・・。はじめは「真犯人、岩窟王はこの中にいる!」と香胡蝶、江健一、南麗晶、周龍道に言い放つ。はじめは自分を犯人に仕立て上げたトリックを解き明かした後、岩窟王の正体を暴き、事件の全貌を明らかにしていく・・・。
はじめ、美雪、剣持警部は不動高校と開桜学院の囲碁部の対抗合宿に参加する。対局場は梔子莊の血溜之間。血溜まりとは碁盤の裏面にあるへこみの部分の事を言い、対局に口を出した第三者の首をさらした事が血溜の由来だという。2日目、開桜学院1年の星桂馬が血溜之間で発見される。容疑者は合宿の参加者に絞られるが・・・。
不動高校と開桜学院の囲碁部の対抗合宿中、囲碁の世界の奇妙な言い伝えになぞらえて開桜学院1年の星桂馬が殺害される。はじめは皆の行動を確認するが、全員のアリバイが成立する。この後、星のズボンの尻ポケットから何十個もの白と黒の碁石が見つかる。はじめはこの碁石を星のダイイングメッセージと考えるが・・・。
はじめと美雪は青薔薇の完成披露会に招待された地獄の傀儡師、高遠遙一と共に薔薇十字館にやってくる。招待したのはローゼンクロイツと名乗る謎の人物。十字の形をした館は構造上、通過できない区域があり、地下に降りないと入れない部屋もあるという迷宮だった。参加者の皆が集まった夕食の時間に、最初の惨劇が起きる。
薔薇十字館に集められた招待客たち。夕食の時、皇の遺体がテーブルに現れるという最初の惨劇が起きる。小金井は薔薇が密集したアーチを強引に進んで絶命。薔薇の棘に猛毒が塗られていたのだ。翌朝、青薔薇がお披露目される事になり、皆は円形応接室前に集められるが…。密室になった応接室で新たな犠牲者が発見されて…。
はじめは何気ない会話から招待客に薔薇だけでなく、火という共通点がある事に気付く。この後、ローゼンクロイツから皆にメッセージが届く。はじめと美雪は指示に従って開かずの間になった南端の部屋の外に行き、みるくが襲われている現場を目撃。はじめたちは地下の階段から南端の部屋へ助けに向かうが…。
薔薇十字館でとうとう4人目の犠牲者が出てしまう。はじめは招待客の名前に薔薇の品種が入っている事、美咲と蓮花という品種がある事を知って事件の真相に近づく。この後、はじめは祭沢、みるくが殺害された時の謎、違和感の理由を推理。そして、はじめは真犯人の巧妙なトリックを暴き、「謎は全て解けた!」と言い放つ。
薔薇十字館で起きた奇怪な連続殺人。はじめはジゼルが殺害すべき人物を特定した方法を解き明かし、祭沢が殺害された時の薔薇密室の謎、みるくが殺害された時の心理トリックも暴いていく。そして、ジゼルを犯行に駆り立てた忌まわしいホテル火災の真相、高遠の異母妹の正体が明らかに…。
捜査一課刑事の雪峯美砂が殺害された。現場は美砂の自宅マンションで、凶器は美砂の拳銃だった。剣持は真犯人を捕まえたいので、力を貸してほしいとはじめに頼む。捜査線上には逮捕した美砂を逆恨みする変態ストーカーの奥、村山の恋人の留奈も浮上。はじめと剣持が捜査を進めていくと意外な事実が明らかになって…。
明智が警部だった数年前、明智と後輩の小林刑事は書店で万引きした不良少年の貴島洋平を捕まえるが、捜査一課に洋平の父親、貴島代議士からクレームが入る。ある日、小林が見知らぬ男2人に襲われる事件が起き、同時に書店が放火される事件も発生。明智は2つの事件の関連性を調べるが…。
はじめと美雪は東北の雪鬼ヶ岳にある開発中のスキー場でアルバイトとして働く。この地はナタを手にした雪鬼が村人全員を惨殺して食べたという雪鬼伝説がある場所だった。夜、招待客たちはロッジから離れたコテージに宿泊するが…。招待客の1人が足跡も残さず、姿を消すという謎の失踪事件が起きる。
開発中のスキー場で、招待客の1人、雲沢が消える謎の失踪事件が発生。それは現地に伝わる雪鬼伝説と似た状況だった。鯖木は事件現場の雲沢のコテージを撮影。ネットが繋がる場所に戻ったら失踪事件のネタをウェブに上げようと考えていた。その時、鯖木が衝撃を受けて振り向くと、そこにはナタを持った雪鬼が立っていた。
はじめはアイドルの自殺が2つの事件を繋げるカギと睨む。美雪は被害者のノートPCを持ち帰るが、そこに雪鬼が現れてノートPCを破壊。真犯人の雪鬼が見られたくない何かがノートPCに残っていたのだ。この後、はじめは遺体が見つかった山小屋を調べ、棺桶から遺体が消えたトリックを見破り、事件の真相に近づく。
伝説の雪鬼の仕業に見せかけ、開発中のスキー場を舞台に招待客が次々に襲われる連続殺人事件。真犯人は最後のターゲットに襲いかかるが、張り込んでいたはじめが犯行を阻止。はじめは雪鬼の面を剥ぎ取り、皆の前で真犯人の正体を暴く。そして、はじめは真犯人の巧妙なトリックを解き明かして事件の核心に迫る。
医師の柏木は自分が勤務する大病院から脳出血の患者を別の救急病院に運ぶ。柏木はこの患者を夫と偽って看護師に説明するが、運が悪い事に救急病院には、はじめと剣持警部が偶然居合わせていた。はじめは患者のおかしな点に気付いて柏木を疑う。はじめは柏木の不可解な言動の理由に気付き、「謎は全て解けた!」と言い放つ。
鮫島ジムに元重量挙げ選手だったオーナー、鮫島の金メダルを頂くという怪盗紳士の挑戦状が届く。剣持警部、はじめ、美雪が鮫島から話を聞いていると、新聞記者の亀井が鮫島の取材に来る。鮫島は金メダルがあるスタジオに亀井を入れ、はじめたちはフロアの奥で休む事に。この後、怪盗紳士が現れて最悪の事件が起きる。
はじめのもとに小学生時代のカブスカウトの仲間、茉莉香の葬儀の案内が届く。はじめは白狐村にある茉莉香の実家を訪ねるが、茉莉香が他界したのは2ヶ月前だった。茉莉香は何者かに狐の嫁入りに見立てて殺害され、村は白狐様の祟りと騒ぎになったという。その日の夜、狐火流しという村の習わしの最中に新たな事件が起きる。
はじめと美雪、カブスカウト仲間は茉莉香の自宅がある白狐村に集まる。そして、茉莉香に続き、仲間の光太郎の遺体も発見される。はじめは光太郎の遺体がどこから流されたかを推理するが、時間的にカブスカウトのメンバーの犯行は不可能だった。だが、凛だけは犯行が可能。はじめは凛に話を聞くため、白狐稲荷に向かう。
はじめのカブスカウト仲間の茉莉香が狐の嫁入りに見立てて殺害された事件に続き、光太郎、凛も狐火流し中に命を奪われ、村人は白狐様の祟りと恐れる。真相に近づいたはじめは白狐稲荷や茉莉香の家の土蔵も調べ、手がかりや犯人のミスを発見。そして、はじめは「謎は全て解けた!」と拳に力を込める。
白狐村を舞台に起きた連続殺人事件。白狐様の祟りと村人たちを怖がらせた事件を解くカギは6年前のキャンプ中に起きた遭難事件に隠されていた。はじめは光太郎、凛を殺害した時のアリバイトリックを解き明かし、犯人が犯した決定的なミスや動かぬ証拠も突きつける。