3年ぶりに新テレビシリーズが始まったというのに、いまひとつモチベーションが上がらない吉田くんやレオナルド博士。そこで総統は、団員たちに再び世界征服にかける情熱を取り戻してもらおうと一念発起し、とある人を呼ぶ。その名も”新人先生”。この新人先生は落ちこぼれの生徒たちを病的な情熱だけで甲子園まで連れてゆくというキセキを起こした実績を持つらしいのだが…。
近ごろ吉田や菩薩峠が熱を上げている流行のヒーローは、話し合いだけで事件を解決する草食系ヒーロー、その名も”花弾(花より弾丸ジャー)”。この様子を見ていた総統は、世界征服のため、草食どころか肉食獣の特徴を兼ね備えた怪人を作ることを思いつく。そして、世界中の670種類の動物の特徴も兼ね備えた究極の怪人、『怪人スーパーアニマル』が出来上がった!
相変わらず全く世界征服できそうにない鷹の爪団。対策として、総統の影武者を立てて総統は闇将軍として暗躍すべきという吉田君のアイデアを採用。しかし吉田君が選んできた影武者は、「ハンリュウ総統」に「こども総統」「おくり人総統」とめちゃくちゃで、全くうまくいかない。そんなこんなで、全くやる気の無い吉田君を試すため、総統は実家の法事と嘘をつき、吉田君に1日総統をまかせてみるのだが…。
一向に世界征服が進まない鷹の爪団一行は、神社へ神頼みに行くことに。しかし吉田君は、10月は神無月で日本中の神様が島根に集うと言う。八百万の神にいっぺんにお願いができれば、効果は800万倍!という事で、博士が発明した、島根にダイレクトに行けるマシン「どうしてもシマンネェ」で島根に向かう。と思ったら鳥取に到着してしまい…。
DXランドが開園し、取材に来たTVカメラの前で得意のDXボンバーを放とうとするDXファイター。しかし、突然うずくまって病院へ運ばれる。診察の結果は「ボンバー腺肥大症」で、余命一週間と宣告される。残された時間で家族の再生を試みるも逆にこじれてしまう有様。なんとかして「温かい家族」を体験しようとするDXファイターは、鷹の爪団に疑似家族を演じさせるのだった…。
大家さんからの執拗な家賃取り立てと、大家さんのお腹にいる赤ちゃんの養育費の要求に困り果てた鷹の爪団。悪の秘密結社らしく不法なことでお金を稼ごうと、振り込め詐欺に手を染める。吉田がネットオーオークションで手に入れたといういかがわしい名簿を頼りに電話をかけるのだが、その電話をきっかけに、未来から来た殺人ロボットや闇の組織、未知の生物までが複雑に絡み合う、とんでもない事件に巻き込まれてしまう・・・。
フィリップが部長になった「BOOKお麩」に、古新聞の買い取りを強要するほど貧窮している鷹の爪団。そこにやってきたDXファイターが、草食系ヒーロー・花より弾丸ジャー(花弾)が自分より人気で困っていると愚痴るのを聞いて、吉田君はあるアイデアをひらめく。DXファイターを新ユニット「DXF48」として売り出し、そのグッズの売り上げを鷹の爪団のものにしようというのだ。早速メンバー集めをする吉田君だったが…。
相変わらず貧窮している鷹の爪団だが、戦闘主任であるはずの吉田君は、怪獣ごっこをして遊んでばかり。その様子を見た総統が注意するも、吉田君は「これは博士と進めている極秘プロジェクトの訓練なんです!」と言う。その内容とは、吉田君自信が巨大な怪獣になるという壮大な計画らしいのだが…。巨大化した吉田君の手によって、世界は滅亡の危機に!?
吉田君が世界征服のための最終秘密兵器として取り出して来たのは、なぜか一本の割り箸。時は一か月前、さすがにそろそろ本気出して世界征服しようと、総統に最終秘密兵器の開発を命じられた吉田君。まずはいつもツイていない鷹の爪団を何とかしようと、怪しげな「幸運を呼ぶペンダント」に手を出す事に。そこから、吉田君がたどった数奇な運命とは…?ゾフィーと名乗ってのシャンソン界での活躍、そしてジャンクロードとの悲恋の結末が明かされる!
フィリップDEATHホールディングスの社長にして、世界の経済に影響力を持つ100人にも選ばれ、流通業界に革命を起こす若きリーダーとなったフィリップ。恋人ユリリンとも順風満帆。一方、総統は大家こと房子さんに、一月後に産まれてくるベイビーのため、お金の件ですごまれていた。状況を打開するため、なぜか吉田君はサーカス団を結成するという突拍子もないアイデアを出すが…。
破産に追い込まれてしまった鷹の爪団。総統は、宿なし一人のネットカフェ秘密結社をするようになっていた。ネットカフェで寝泊まりしそれでも理想を忘れない総統、一人公園で鳩を相手に戦闘訓練を続ける吉田、そして、すっかり勝ち組となり選民思想を持つエグゼクティブサークル「KK」に入会したフィリップ。全員がバラバラになってしまった鷹の爪団は、一体どうなってしまうのか!?