世界歴2004年。宇宙人に向けて通信メッセージを送るほどに科学を発達させた地球では、その英知の結晶である高性能ロボット・アトムが日夜活躍を続けていた。ある日、科学省は、多数の部品ロボットが合体して完成する“ロボット宇宙艇”を開発。人工島司令官・ベガ大佐の妨害にあうものの、アトムの活躍で事なきを得た。ところがその宇宙艇で月へ向かったお茶の水博士が、謎の怪物にさらわれてしまう。月基地のナンバー7たちと救出に向かったアトムは、地球を狙う宇宙人がいることを知る。帰還後、アトムはニコロ星の爆弾ロボット・ベムと出会った。太陽をターゲットとする爆破実験から逃走し、追われるベム。彼を守ろうとしたアトムに、怒ったニコロ星人は地球の破壊を宣言。巨大な赤い星が地球に近づき始める……! -『虫プロ手塚治虫長編三部作』よりストーリーを転載-