毒に侵されたカッタッパはいまだ意識が戻らない。そんな中、無法者たちに襲われたジュワララジャムの街を守るため、バーフバリたちが向かう。
バーフバリと仲間たちはジュワララジャムの民と協力して無法者たちとの戦いに挑む。だが、街の青年プララドが敵の矢を受け倒れてしまう。
プララドの敵を討つべく、ジュワララジャムの民は一致団結して無法者たちに応戦。最後はバーフバリと無法者の長の一騎打ちになり…。
かつてバーフバリが救った2匹の虎が成長し、村の家畜を襲うようになる。バーフバリは虎たちをジャングルへ返そうと村へ向かうのだが…。
カッタッパの病を治すため、バーフバリは突然戻ってきたヤマグニとともにアシュの花を探しに行く。だがその裏には、プラダン・グルの罠が…。
カッタッパが目覚め、プラダン・グルの裏切りが明るみに出る。しかしそれにより、ヤマグニはバーフバリのもとを去らねばならないのだった。
マヒシュマティの貿易船が次々と海賊に襲われ武器を奪われる。バーフバリとカッタッパは船乗りに扮して海賊探しの旅に出るのだが…。
バーフバリは伝説の海賊カーラ・カンジャに気に入られ、彼らの仲間になる。しかし、マヒシュマティの王子であることがバレてしまい…。
カーラ・カンジャはバーフバリの腕を認め島を案内する。カンジャの美しい娘アイーシャは、密かにバーフバリに心を寄せるのだが…。
マヒシュマティにハン一族がやってくる。長男のチャガタイは弟の敵を討つため、バラーラデーヴァに果たし合いを申し込む。
プラダン・グルの幼少時代。マヒシュマティに恨みをもつ老人に育てられた彼は、指導者として王国へやってくる。
プラダン・グルはマヒシュマティを滅ぼそうと、王宮に火を放ち、シヴァガミを人質に取って立てこもる。
プラダン・グルは王国を毒で浸そうとしていた。バーフバリはその陰謀を阻止すべく、ついに決着の時がやってくる…!