新一宛に世界的に有名な建築家・森谷教授の邸宅で開かれるパーティーの招待状が届いた。コナンは、蘭と小五郎を誘い出席する。それが事件の始まりだった・・・。 プラスティック爆弾用の特殊火薬が大量に盗まれる事件が発生した。その犯人と名乗る男から予告電話が入り、現場に賭けつけるコナン。そこへ「なぜ工藤が来ない！」と再び犯人から電話が入る。ヤツはどこからか見ているのか？！そして、連続して犯人からの爆弾予告。いったいどこに爆弾を仕掛けたのか？恐怖が大都会をパニックに陥れる。刻々と迫るタイムリミット、コナンに打つ手はあるのか！

コナンの身近な人々、目暮警部、蘭の母親の妃英理、阿笠博士が、立て続けに命を狙われるという事件が起こった。犯行現場には謎のキーワードとしてトランプが残されていた。事件の真相を追うコナンたちは、海中レストランへ向かうが、そこには新たなる殺人劇が待ち受けていた……！

1999年。世紀末のこの年、世間をさわがせている大怪盗がいた。その名は「怪盗キッド」。そのキッドからインペリアル・イースター・エッグを盗むという予告状が届いた。キッドを追い大阪へ向かうコナン。 キッドの予告状を解いたコナンと平次だが、二人の目の前でキッドは悠然とエッグを盗んでいく。追うコナン。コナンがキッドを追い詰めたその時、銃声が響きわたった・・・。 エッグにはいったいどんな謎が・・・。挑戦するコナンの前に、古びた古城が写し出された。古城についたコナン達。だが、城の中で新たなる殺人事件が。密かに城に侵入した少年探偵団にも危機が迫る。コナン達は無事、エッグの謎を解く事は出来るのか。

警察官が連続して殺される事件が発生した。凶悪テロ、あるいは過激派の犯行なのか！殺された二人は、いずれも警察手帳をにぎりしめていた。この殺人事件に偶然遭遇したコナン。小五郎と共に事件について聞き出そうとするが、白鳥刑事が放った一言は“Need not to know” (知る必要のないこと)　これは、警察内部で使われる用語で、事件が警察内部にかかわることを意味する。警視庁からの情報がない中、遂には蘭の命までもが狙われる！ショックのあまり、記憶を失った蘭をコナンは守りきれるのか・・・。

コナンら少年探偵団は、西多摩市にある完成間近の日本一高い双子（ツインタワー）のビルに立ち寄った。最先端のハイテクビルには、その建設にからんで暗躍した怪しい面々が集っていた・・・。そして、ビル内で第一の殺人事件が起こった！その近くで、コナンは信じられないものを目撃する。黒のポルシェ356A―。≪黒の組織≫がここに！？ さらに灰原哀が密かに何者かとコンタクトを取り始め・・・。

シャーロック・ホームズが活躍した100年前のロンドンに、コナンたちが迷い込む！？世界最高・仮想体感ゲーム「コクーン」に操られる50人の命。現実で起こったふたつの事件と、バーチャルゲームの中で起こる事件がリンクする中で父・優作と共に人工頭脳「ノアズ・アーク」に挑むコナン！コナンと参加者の少年たちが助け合いながら事件を解決してゆくジュブナイルミステリー。

春・桜の季節―― 東京・大阪・京都で5人の男が殺害された。5人は仏像・美術品の窃盗を繰り返してきた「盗賊団・源氏蛍」のメンバーであり、義経とその家来の名で呼び合っていたらしい。 警視庁の目暮警部達、大阪府警の大滝警部、京都府警の綾小路警部による合同捜査が始まる。時同じくして、小五郎はある寺院から依頼を受け、コナン達と共に京都を訪れていた・・・。犯人は「源氏蛍」に恨みを持つ者か？あるいは仲間割れによる犯行か？また、小五郎への依頼との関連は？東西の名探偵・コナンと平次が、力を合わせて事件の解明に挑む！

最新ビルが立ち並ぶ東京の新スポット・シオサイト。その、とあるビルの屋上・夜。コナンの前に制服姿の警備員が立っている。他には誰もいない……。「もうゲームは終わりにしようぜ、コソ泥さん」ゆっくりと振り返る警備員。「そうだな。君とかくれんぼするには日が暮れすぎたよ、探偵君」次の瞬間、制服が剥ぎ取られ、夜空にひらめく純白のマント。コナンの眼鏡には、颯爽と立つ怪盗キッドが写っていた。対峙する2人。コナンVSキッド……今まさに、宿命の対決に幕が切って降ろされようとしていた……

15年前、北大西洋・海上。貨物船・第一八代丸が、巨大な氷山に衝突し、沈没。船長と一人のクルーが犠牲に。時は流れ現代、西多摩市。大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、車を運転中に心臓発作を起こし、事故死。さらに半月後……。太平洋を航海する豪華客船アフロディーテ号。コナン、蘭、小五郎たち一行は、その処女航海に参加していた。しかし船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する。それは、海上というどこにも逃げ場のない空間で繰り広げられる、恐ろしい陰謀の始まりであった。

謎の男から依頼を受け、横浜へとやって来た小五郎とコナンたち一行。しかし、その男の罠にはまり、蘭や少年探偵団たちが人質にとられてしまう。タイムリミットは12時間。その間に依頼されたある事件の真相を解かないと、蘭たちに取り付けられた爆弾が爆発してしまう。さらにその男は、コナンの正体が工藤新一である事を知っていた！“西の高校生探偵”服部平次や、怪盗キッドも登場!!刻一刻と迫るタイムリミット。コナンたちは、事件の謎を解き、時間内に蘭たちを無事救い出せるのか!?そして謎の依頼主、黒い影の正体とは……

小五郎に連れられ、太平洋に浮かぶ“神海島（こうみじま）”へバカンスに訪れたコナンたち一行。その島には古くから、海に沈む古代遺跡“海底宮殿”と、300年前に実在した女海賊“アン・ボニー”と“メアリ・リード”の遺した財宝伝説が語り継がれていた。蘭と園子は海底宮殿近くの海中でスキューバダイビングを楽しむが、そこで2人は、宝を狙うトレジャーハンターチームと遭遇する。突然、ハンターの一人が、サメの群れに襲われ、死亡。コナンはハンターの死に不審な点を見つける。捜査を進める上で浮かび上がる、謎の言葉“ジョリー・ロジャー”。海底宮殿に隠された秘密とは？300年の時を超えた暗号を、コナンが解き明かす！！

音楽家ばかりを狙った連続殺人事件が発生。殺された者はみな、高名な元ピアニストが率いる音楽アカデミーの出身者であった。彼が作った音楽ホールのこけら落としコンサートに招かれた、コナンたち一行。コンサートの目玉は、バッハが弾いたといわれるパイプオルガンと世界的に有名なバイオリン“ストラディヴァリウス”の音色、そして、絶対音感を持つ天才歌手の歌声であった。しかし、コンサート本番に向けて、数々の不審な事件が起こり始める。そして本番当日。コナンたちが訪れたコンサート会場がいきなり大爆発。一面、火の海に包まれる・・・。

東京近県を中心に広域連続殺人事件が発生！ 捜査線上に浮かんだ「黒ずくめ」の影。「工藤新一」の名前を知るその男のコードネームはアイリッシュ。組織の影が自分に近づきつつあることをコナンは知った。この事件の解決には、覚悟が必要だ！ 七夕の日、7/7目前に7人目の犠牲者が。組織の罠が、日本警察を翻弄する…果たして、連続殺人事件は黒の組織の仕業なのか？黒ずくめVS.江戸川コナン避けることのできない、宿命のバトル・ミステリーが今、始まる！

世界中を股にかけて宝石を狙う怪盗キッドは、名探偵コナンにとっても手ごわいライバルだ。そのキッドとの対決に執念を燃やす大富豪・鈴木次郎吉が挑戦状を叩きつけた。世界最大の飛行船ベルツリー号に収めた宝石“天空の貴婦人”を、盗んでみよというのだ。制限時間は東京から大阪に着くまでの6時間。小五郎と蘭、コナン達少年探偵団も飛行船に招待されて乗り込んだ。コナンは護れるのか？キッドは盗めるのか？大空を舞台に頭脳戦が始まったまさにその時、謎のテロリスト「赤いシャムネコ」が飛行船を襲う！果たして、ハイジャックの目的は？ キッドとコナンの対決はいかに！？

朝倉都知事に届いた謎の脅迫状…。その翌日、都知事が開通した新地下鉄が爆破されるが、間一髪、コナンの活躍でケガ人を出さずにすんだ。コナンは、都知事が大臣時代に建設したダムの関係者で恨みを持つ者がいないか捜査を開始する。ダムを造るため移設された北ノ沢村を訪れたコナンは、8年ぶりに集まった幼馴染の5人の男女に出会う。8年前の交通死亡事故、ダム建設、そして意識を失ったままの「少年」冬馬、5人には暗い影がつきまとっていた。そんな中、冬馬は奇跡的に目を覚まし、事故当日の記憶を取り戻す…。彼の記憶に残された真実とは？地下鉄爆破犯が次に狙うものは何か？ダムの街を大規模災害が襲う！！

少年探偵団や灰原と一緒に江戸川コナンは、東都スタジアムでサッカー観戦を楽しんでいた。一方、同時刻。突如、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話がかかってきた！小五郎を挑発するかのように、爆発する路上の自動車！！阻止する方法は、ただ一つ。犯人が残した謎の暗号を解読することだ！目暮警部とともに小五郎と蘭は、米花市内を駆け廻るが、暗号に翻弄され一向に手掛かりは見つからない。追い詰められた蘭からの電話で爆破予告のことを知ったコナン（新一）は、暗号解読に乗り出す…。容疑者は、サッカー選手、サポーター、クラブオーナー、マスコミ業界…。サッカー界とは関連が深い面々だ。捜査が難航する中、再び小五郎の下に挑戦状が届く！！次のターゲットはどこなのか？犯人はなぜ、小五郎を狙うのか？挑戦状に隠された暗号解読に成功するコナンは同時に「あること」を知る。それは、この事件に仕掛けられた恐るべき陰謀であった！

京都・舞鶴湾で行われたイージス艦の体験航海に参加したコナン、蘭、小五郎、そして少年探偵団たち。海上自衛隊員による案内のもと、大迫力の対空戦闘訓練を見学していた。しかし突如、謎の敵の襲来を受け、訓練は狂気の現実へと変わる！隊員たちの冷静な対処によって何とか事態は落ち着いたものの、敵の狙いは果たして―。そんな最中、自衛隊員の左腕が艦内で発見される！コナンは、灰原や阿笠博士、そして平次と協力して捜査に乗り出す。そしてついに、艦内に某国のスパイＸが乗りこんでいることを知る！果たしてスパイＸとは誰なのか？このイージス艦で起こっている事件は、やがて日本全土を巻き込む恐ろしい陰謀のはじまりに過ぎなかった！そしてスパイの鋭い刃はついに平次、そして蘭にまで向けられる―。究極のスパイミステリーにいま、コナンが立ち向かう！

東京の街を一望できる高さ653mを誇るベルツリータワー。そのオープニングセレモニーに参加していたコナンたちは、展望台からの絶景を楽しんでいた。その時、一発の銃弾がガラス窓を突き破り、男の胸を撃ち抜く！あまりに一瞬の出来事に何が起こったかわからずパニックになる蘭と少年探偵団たち。すぐさま犯人追跡メガネをズームさせ銃弾の軌道先に黒い影を見つけたコナン。「ありえない距離からの狙撃、まさか―！」コナンは逃走するスナイパーを女子高生探偵の世良真純と共にバイクで追うが、警察のパトカーもろとも容赦なく爆破しようとするスナイパーとのチェイスに翻弄されてしまう。やがてその激しいチェイスはFBIをも巻き込み、犯人、そして狙撃事件の謎は海の中へと消えていった――。コナンと世良、そして警察とFBIがタッグを組んで捜査を始める中、やがて浮かび上がったのは、海軍の特殊部隊「ネイビー・シールズ」の存在。この狙撃事件は、これから起こる大パニックの“第一ポイント”にしかすぎなかった！そしてその裏では同時に、謎の大学院生・沖矢昴も静かに動き始めていた――。

ニューヨークのオークション会場で歓声が響く。鈴木財閥が落札したのは、かつて日本で焼失したとされているゴッホの名画「ひまわり」。絵画を護るスペシャリストたち「７人のサムライ」が招集されたその時、突如怪盗キッドが出現！会場をド派手にかく乱し、ニューヨークの空に消えた。後日、ひまわりを乗せたジェット機が日本へ向かう空で、突如爆発！キッドについにひまわりが奪われる。空港に駆けつけたコナンによってひまわりの奪還に成功したものの「巨大宝石（ビックジュエル）しか狙わないヤツが、容疑者に…」と違和感を禁じ得ないコナン。犯行がエスカレートしていく中、ひまわりは鉄壁のセキュリティを誇る美術館【レイクロック】にて護られる事となる。鈴木次郎吉の目的は、世界中に現存する７枚のひまわりを集め、世界初の展覧会を開催することだったのだ。歴史的絵画に何かあれば国際問題にもなりかねない緊迫した状況で、小五郎の元に暗号めいた予告状が届く！キッドの影が迫る一方で、ひまわりは世界各国から続々と集結していく。訪れた展覧会当日、開幕を告げるファンファーレが鳴り響く中、静かに現れたのは高校生探偵・工藤新一の姿だった―！

リニューアルされた東都水族館にやってきたコナンたちは、謎の記憶喪失の女性と出会う。彼女は、左右の瞳の色が異なる“オッドアイ”の持ち主だった。瞳の特徴から、その正体が組織のＮＯ.２＝ラムかもしれないと恐れる灰原。一方、宿敵に迫るチャンスを探るコナン。時を同じくして、世界各国で黒ずくめの組織による暗殺事件が発生！組織の目的とは？謎の女性との関係とは？やがて、ＦＢＩ・赤井秀一の捜査により、日本警察から各国のスパイのリスト「ノックリスト」が盗まれた事が判明する。このデータが組織に渡ると、組織に潜入している公安・安室透とＣＩＡ・水無怜奈の命も危険にさらされてしまう。コナンは赤井と共に事件を追うが、時を同じくしてジンが安室と水無を拘束。その時、傍にいたベルモットの携帯が鳴り響く。その指示を出していたのは―。

大阪の日売テレビで、爆破事件が発生！その時、百人一首界を牽引する「皐月会」が開催する会見が行われており、大パニックに！崩壊していくビルの中、西の名探偵・服部平次とその幼馴染・遠山和葉だけが取り残されるが、間一髪の所でコナンによって無事救出される。時を同じくして京都・嵐山の日本家屋で、皐月杯の優勝者が殺害される事件が発生。果たして大阪での事件とのつながりは？そんな騒動の中、コナンは平次の婚約者だと言い張る女性と出会う。その名は、大岡紅葉。紅葉は、なんと皐月会に所属する競技かるたの高校生チャンピオンだった。コナンと平次は大阪府警・京都府警とともに、２つの事件に関係する皐月会の捜査を始める。東西の名探偵を翻弄する、古からの歌。時を越えて読み継がれるその歌は秘めし想いが綴られた“恋歌”か、復讐に血塗られた“哀歌”か―。

東京サミットの開催地となる東京湾の新施設、エッジ・オブ・オーシャン。サミットが開催される5月1日には、2万2千人もの警察官が出動するというこの巨大施設で突如、大規模爆破事件が発生する。そこには、通称“ゼロ”と呼ばれる全国の公安警察を操る警察庁の秘密組織に所属する安室透の影があった。サミット当日ではなく、事前に起きた爆破事件と、秘密裏に動く安室の謎めいた行動に違和感を覚えるコナン。その時、現場の証拠品に残された指紋が、かつて警視庁に在籍していた毛利小五郎のものと一致してしまう。これは何かの陰謀なのか。小五郎の逮捕を巡って敵対するコナンと安室。果たして、謎の存在・安室透は、敵なのか、それとも味方なのか……？

19世紀末に海賊船と共にシンガポール近海に沈んだとされる、世界最大のブルーサファイア"紺青の拳"。表舞台にその姿を現した時、マリーナベイ・サンズ近郊にて殺人事件が発生。現場には、怪盗キッドの血塗られた予告状が残されていた。やがて、キッドはある邸宅の地下金庫にブルーサファイアが眠っているという情報を得る。いとも簡単に侵入成功したと思われたが、危険すぎる罠がキッドを待っていた。立ちはだかったのは、400戦無敗の最強の空手家・京極真。キッドの運命は…!?

世界最大のスポーツの祭典「WSG -ワールド・スポーツ・ゲームス-」の記念すべき東京開催を迎えようとしている日本。その開会式に合わせて、日本の技術を総結集した、最高時速1000kmを誇る世界初「真空超電導リニア」が新名古屋駅と東京に新設される芝浜駅間に開通することが発表された。世間の注目を集める中、名だたる大会スポンサーが集うパーティー会場で突如事件が発生し、企業のトップが相次いで拉致されてしまう異常事態に。その裏には事件を監視する赤井秀一の姿、そして赤井からの指令を待つFBIの姿があった。コナンの推理により、15年前にアメリカのボストンで起きた忌まわしきWSG連続拉致事件との関連性が浮かび上がり、当時の事件もFBIの管轄だった事が判明する。果たしてこれは偶然なのか？世界中から大勢の人々が集まる日本で、一体何が起ころうとしているのか？

その正体は謎に包まれ、それぞれが複雑に絡みあう危険な一家・赤井ファミリー。来葉峠で死亡したと思われていた赤井秀一を中心に、これまで断片的に明かされてきた世良真純、羽田秀吉、メアリー、それぞれのパーソナリティや見どころをクローズアップし、その関係性を紐解いたTVアニメシリーズ特別総集編。
クライマックスは、来葉峠で赤井秀一が華麗な復活を果たす「緋色」シリーズ。
とある事件の中、赤井秀一の宿敵・安室透／バーボンが、FBIより“手がかり”を聞き出した序章。安室透は赤井秀一と沖矢昴の関係を厳しく追及する。比類なき頭脳が交錯する攻防戦の果て、観る者全てに衝撃を与えた赤井の帰還。そして一連の”不在証明劇″真相の背後には、コナンの姿が―。

灰原哀　宮野志保　シェリー
3つの顔(トリプルフェイス)を持つ、運命に翻弄されながらも、果敢に立ち向かう一人の女性。
科学者で黒ずくめの組織の一員、宮野志保【コードネームシェリー】は、神秘的な毒薬APTX（アポトキシン）4869を開発する。それは、工藤新一を幼児化させた薬だった！しかし、黒ずくめの組織が、姉・明美を殺害したと知ったシェリーは、組織を裏切り、自身もAPTX4869を飲んでしまう。薬によって幼児化した彼女は、灰原哀と名乗り、身を隠しているのだが……。少しずつ、だが確実に、黒ずくめの組織が、彼女に影を落とす。
組織の幹部、ジンと最悪の再会を果たし、命を狙われた『黒ずくめの組織との再会』
バスジャックに遭遇した車内で、組織のメンバーの気配を感じ、死を覚悟した『謎めいた乗客』
クライマックスは、豪華列車の中で窮地に追い詰められた『漆黒の特急（ミステリートレイン）』
ベルモット、そしてバーボンとの直接対決に敗れた灰原は、組織の思惑通り、貨物車の爆発に巻き込まれ、死亡したと思われたのだが……。
トンネルを抜けた先に見えた真実とは？灰原哀と黒ずくめの組織、軋轢の全貌を紐解く総集編がついに公開！ここでしか見られない、新規映像も！