魔王のメフィストはサファイヤの存在を知ると大喜びをした。男の子の心を持った女の子。そういう存在を彼は2000年もの間、探し続けていたのだった。その女の子から男の子の心を奪って自分の娘ヘケートの心と入れ替えれば、ヘケートは大魔女になれるからだ。魔王は早速、サファイヤを誘拐して、その心をヘケートの心と入れ替えようとするのだが、当のヘケートは憂鬱だった。サファイヤの心にされてしまったら、自分はもう自分ではなくなってしまう。ヘケートはそれが嫌だった。

シルバーランドで武術大会が開かれることになり、ジュラルミン大公はこの大会を利用してサファイヤを暗殺しようと、バロンという騎士を雇い入れた。サファイヤはこの企みに気づいたが、腕には自信がある。正々堂々とバロンに受けて立つ。しかしバロンは自分が暗殺者に仕立てられようとしているのを知り、ジュラルミン大公を裏切って、サファイヤの味方をする。

船上ダンスパーティが開かれることになった。サファイヤが本当は女の子なのではないかと疑うジュラルミン大公は、隣国のフランツ王子に、サファイヤが男か女か調べてくれと依頼する。王子なのだから男に決まってるじゃないかとフランツは思うのだが・・・。

王妃が刺されたら三日後に死ぬという毒バラのトゲに触れてしまった。その毒を消すには"踊り忘れ草"という薬草が必要だとサファイヤは知らされる。そこでサファイヤは薬草の生息する三つの谷にでかけた。三つの谷には三匹の怪物がいて、その三匹を倒さない限り、薬草は手に入らないと知ったサファイヤは、母の命を救うため、敢然と怪物たちに立ち向かって行く。

貝に入って流されてきた小さな小さな男の子を助けたサファイヤとチンクは、彼を父親のもとへ届けに出発。南の島へたどり着くが、そこで謎の大男に殺されかける。その大男こそ小さな小さな男の子の父親で、彼はランプの精でもあった。

魔王は娘ヘケートを大魔女にしようとして、再びサファイヤの男の心を手に入れようとする。そしてガリゴリの娘マリを呪いにかけ白鳥の姿に変えて、盗ませようとする。けれどチンクに魔法を見破られたマリはそのせいで死んでしまった。マリを蘇生させる方法はただ一つ、それは魔王の持っている魔法の玉を朝日の光に当てることだった。

いつまでたってもサファイヤから男の心を抜き取れないチンクを見た神様は、天馬にサファイヤの男の子の心を抜いてくるように命じる。しかしそれに気づいたチンクは、天馬をサファイヤに近づけまいとして奮闘する。そんなチンクの気も知らず、天馬を捕まえれば幸せになれると信じているサファイヤは自分から天馬を捕まえに行ってしまう。

シルバーランドの塔には、九百年の昔から魔よけの人形が飾られており、それを壊した者は死刑という掟があった。サファイヤは、そんな掟は間違っていると、人形を壊してしまう。ここぞとばかりにジュラルミン大公がしゃしゃり出て、掟を破ったサファイヤを即刻処刑せよ、と王に迫る。けれど、城中の女たちがサファイヤの味方に付いたため、刑は執行できない。そんな騒ぎの中に魔王が現れて・・・。

シルバーランドのカーニバルに招かれてフランツ王子がやってくる。一方、ジュラルミン大公はカーニバルに使用するからくり人形を利用してサファイヤの暗殺を企んでいた。ジュラルミンの陰謀に気づいたフランツは、サファイヤに危険が迫っていることを警告した。

サファイヤと一緒に森へやってきたジュラルミンの息子、プラスチックは、冬イチゴを食べたいと言い出し、兵隊に森の奥へ探しに行かせた。ところが、森を荒らされた眠りの精は怒り、プラスチックを不眠症にしてしまう。

お忍びで町へ出かけたサファイヤは、自分と瓜二つのジェムという男の子と知り合う。一方、城ではジュラルミン大公の忠実な僕、ナイロン卿が男か女かを見分ける薬を持って、サファイヤの帰りを待っていた。城に戻ったサファイヤにさっそく薬を服ませるナイロン卿。しかし薬はサファイヤは正真正銘の男だと告げた。それもそのはず、薬を飲んだのはサファイヤと一日だけ身分を入れ替えたジェムだったのだ。

南の谷へ出かけたサファイヤは、ブラン公爵とルージュ公爵という人物に出会い、バラの館に招待される。ふたりの公爵はサファイヤにジュラルミン大公がこの谷に要塞を建設しようとしているが、その工事を中止させてくれと頼む。工事のせいで谷の植物は全滅してしまう。ふたりの公爵はそれを心配するバラの精だった。

フランツ王子が、亜麻色の髪の少女を探していると知ったサファイヤは、少女に化け、その姿を写真に撮らせて王子に送った。ところが、そのことを知ったジュラルミン大公は部下に写真を奪うよう命じた。 けれどひょんなことから写真は森に住む山羊の親子のもとに。写真を奪おうとするジュラルミンの部下たちと、そうはさせじとするサファイヤに山羊の一家も絡んで、争奪戦が繰り広げられる。

森にズールという名の、人間の言葉を話す黄金のキツネが住んでいて、王様はキツネ狩りのおふれを出した。そこで、サファイヤが森へ行き、ズールと一戦交え、その時にサファイヤの正体が女であることを知られてしまう。

チンクは人形つかいアンソロの操る、コレットという人形の虜になってしまう。ところが、アンソロの正体は泥棒だった。アンソロはチンクを騙して、お城の内部事情を調べ、城に忍び込んだ。

ウラナールにある幽霊屋敷の話を聞いたサファイヤは、不思議への興味を抑えきれずに屋敷へ乗り込んで行く。ところが、そこで出会った幽霊は、生前の行いの悪さを咎められて天国に入ることができずに苦しんでいるシャインロックの幽霊だった。シャインロックを可哀想に思ったサファイヤは、彼女を天国に送るためいろいろ試してみるのだが。

「世界で一番美しいのはベラさまです」魔法の鏡はいつでもそう答え、某国の王女ベラはその答えに満足していた。しかしある時、鏡は「世界でいちばん美しいのは誰?」という問いかけに「それはサファイヤです」と答えた。激怒したベラはサファイヤを亡き者にして、世界一美しいものとしての地位を守ろうとする。

フランツ王子は、人が考えていることを書いてしまう魔法のペンを亜麻色の女の人に渡して、手紙を書いてもらうように、サファイヤに頼んだ。しかしそのペンはジュラルミン大公に奪われてしまった。彼はそのペンをサファイヤに持たせ、群衆の前で彼女が女であることを書かせようとする。そんなサファイヤの危機を知って、フランツ王子が駆け付けてくる。

ナメクジ怪獣のカゲラは影を食べてしまう化け物だ。食べられてしまった影を元通りに戻すには、怪獣を倒すしかないと知ったサファィヤは怪獣に戦いを挑む。しかし怪獣を倒せるのは悪魔だけだ。サファイヤは彼女の心を手に入れようとしている魔王メフィストに、自分の心を差し出す代わりに怪獣を退治してくれと頼む。

ジュラルミンは、他人を自分の言うとおりに操る薬を手にいれサファイヤたちに食べさせようとしていた。悪だくみに気付いたサファイヤは、薬入りのビスケットを盗みだし、ジュラルミンの部下たちに食べさせてしまう。

国王が行方不明になり、サファイヤが王位につくことになったが、戴冠式の最中に、ジュラルミン大公によって心の真実を話してしまう毒薬を含まされてしまった女王が国民の前で「サファイヤはじつは女の子」と告白してしまう。ジュラルミンは「国民をだましていた罪は重い」と断罪し、サファイヤを棺桶塔という牢獄に幽閉してしまう。

念願かなってサファイヤを追放したジュラルミンは悪政を敷いて国民たちを苦しめていた。それを知ったサファイヤは、棺桶塔のネズミたちの協力で塔を抜け出し、リボンの騎士となって、ジュラルミンに立ち向かう。

サファイヤとリボンの騎士が同一人物ではないかと疑ったジュラルミン大公は、彼女を暗殺すべく五人の殺し屋を棺桶塔へ送りこむ。しかしサファイヤはリボンの騎士となって五人を逆に倒してしまう。怒り心頭に発したジュラルミンは棺桶塔の看守長ガマーにサファイヤ暗殺を命じる・・・。

サファイヤを殺そうとしたガマーは、しかし誤って階段から落ち、大けがを負ってしまう。そのガマーを手当てしてやったサファイヤと王妃の優しさに触れて、ガマーは改心する。同じ頃、城の地下に先王の亡霊が出るという噂が流れていた。その噂を確かめるため、サファイヤは城に乗り込む。そして地下牢に閉じこめられていた父王を救出する。

クールランドのツララ女王はシルバーランドを手に入れたいと欲していた。彼女は城を追われたジュラルミンとナイロン卿、それに魔王のメフィストと手を組み、シルバーランド乗っ取り計画に着手する。

城はツララ女王に奪われた。ツララ女王が用意した偽物のサファイヤが国を治め、両親は石に変えられて行方しれずとなり、サファイヤ自身も目を見えなくされた上でどこともしれない土地をさまよっていた。しかしそんな彼女に救いの手をさしのべたのはヘケートや海賊ブラッドだった。彼等の協力で視力を回復したサファイヤは、城を雪の女王とのリターンマッチを決意する。

クールランドに潜入したサファイヤは捕らえた女王のスパイから、ツララ女王が最強の兵器、鉄獅子を完成させたと聞かされる。シルバーランドを攻撃しようとする鉄獅子を何とか撃退することに成功したサファイヤは、魔王メフィストが石に変えたサファイヤの両親を粉々に砕こうとしているのを知り、慌てて魔の山へと向かう。

サファイヤはメフィストに自分の心を差し出し、両親を元の姿に戻してもらう。約束だとばかりにサファイヤから心を奪おうとしたメフィストは、しかしチンクによって、目的を邪魔されてしまう。サファイヤは自分の偽物と対決して城を取り戻すと、雪の女王を倒すため、今度はクールランドに潜入して行く。

巨大な凧を使って空から物を盗む怪盗ジルバが現われ、シルバーランドの王冠が盗まれてしまった。空中サーカス団の中に犯人がいるのではと目星をつけたサファイヤは、弟子として潜入する。やがて犯人を突き止めたサファイヤであったが、その不幸な身の上に同情して犯人を逃がしてやった。

ある日、海に出かけたチンクは、カメを助けたお礼として龍宮城へと招待された。折しも龍宮城では乱暴者のシャークスが、嫌がる乙姫を嫁に寄こせといっているところだった。乙姫に同情したチンクは、心配してやってきたサファイヤと共にシャークスに立ち向かう。ふたりの姿を見て勇気づけられた魚たちも一致協力してシャークス撃退に乗り出した。

かつてシルバーランドは莫大な銀の産地だったが、醜い争いが続いた為、一人の英雄が全ての銀で船を作り、沼に沈めて国を平和にしたという伝説があった。ある手がかりからナイロン卿がその沼の位置の暗号を解いた為に、沼が荒らされ、船を守っていた銀の精の騎士が甦り、ジェラルミンたちを襲う。しかし、すべての人々に金を分け与えたいというサファイヤの心を知った銀の精は、彼女の即位と共に船を渡すことを約束する。

海の砦に来ていたサファイヤは、漂ってきた少女の乗る船を見つけた。追手が現われ、少女の身代わりとして他の九人の少女たちと共にエジプトに連れ去られたサファイヤは、死神に捧げられる生贄としてピラミッドに送られた。しかし、それは表向きで、じつは神官モルフォが生け贄の美少女たちを奴隷として売りさばいていたのだった。その真実を知ったサファイヤはエジプト王子と協力して神官に戦いを挑む。

ある日サファイヤは、本当に王位を継ぐつもりなら、歴代の王に負けない勇敢さを持っていることを示すべきだとナイロン卿に言われ、森に住む大鹿ムースを退治してみせると約束する。ところがそれはナイロン卿の陰謀で、彼はムースを狂暴にさせる毒矢を打ち込み、サファイヤを殺そうと企んでいた。チンクの知らせで、そのことを知ったサファイヤは、暴れ回るムースを捕え、毒矢を抜いて森へ帰してやった。

森で友人のチビのおじいさんが、黒い馬車に引き逃げされるのを目撃したサファイヤは後を追った。シルバーランド城の中に入っていった馬車から降り立った黒マントの男は、死の商人で、戦争のための飛行船を売りつけに来たのだった。それを知ったサファイヤは兵器を買うお金があるのなら、もっと住み良い国造りのためにそれは使うべきだと主張する。

メフィストの妻である大魔女のヘルが戻ってきた。彼女は娘のヘケートがいまだに男の心を入れていないと知り、自分が直接サファイヤからその心を奪い取ってくると、シルバーランドに向かった。男の心なんか入れられたくないヘケートは、危険を報せるためサファイヤの下へ急いだ。ヘル夫人が自分の心を狙っているとサファイヤはフランツに相談するのだが…。

フランツの目の前でサファイヤはヘル夫人にさらわれてしまう。ヘケートは気落ちするフランツを励まして共にサファイヤ救出に向かう。しかしサファイヤを助けるためには魔の山ハルツに生えている木の汁を用いるしかない。ヘケートはサファイヤを救出する為に魔界の掟を破り、ハルツの山に登って木の汁を手に入れるのだが、そのせいで呪いをかけられ重病にかかってしまう。今度はサファイヤがヘケートを助ける番だ。

名のある騎士を倒して一流の騎士として認められたいと願うブルル国の騎士ジンギスに挑戦されたサファイヤは、無益な戦いを避けようと努力する。しかし、ジュラミン大公はこのジンギスを使ってサファイヤの暗殺を企てる。

重い病気にかかってしまった王妃を救うためには、美の女神ビーナスの持つ復活の花が必要だった。しかしビーナスはサファイヤの美しさをねたみ、花と交換に美しさを差し出せと要求してくる。母を救うためビーナスの望むものを差し出したサファイヤは復活の花を手に入れるが、その美しさを失ってしまう。

シルバーランドで各国の王侯貴族を集めた狩猟大会が賑やかに開催される。しかしシルバーランド国とフランツ王子のゴールドランドをまとめて征服しようと企むX連合によってフランツは誘拐されてしまう。サファイヤはリボンの騎士となって最強・最悪の敵X連合に戦いを挑むのだが・・・。

サファイヤとフランツは毎日のように手紙を交換し合っていた。それを自国チャコールランドを侵略するための謀議だと勘違いしたチャコール王に、X連合の使者が近づき、戦争になるなら先手を打つに限るとささやく。チャコール王はゴールドランドに宣戦を布告し、両国の間に戦火の火蓋が切って落とされてしまう。サファイヤはチャコールの娘テッピーとともに戦争の即時中止を求めて走り出す。

シルバーランド征服を企むX連合はネズミを操る男を利用してシルバーランドの穀物をネズミの大群に食い荒らさせる。兵糧責めにしてシルバーランドの力を弱めようと考えたのだ。しかしフランツはゴールドランドから食料を供給してあげようとしていた。そうはさせじとネズミ使いはネズミの大群にゴールドランドを襲わせるのだが、リボンの騎士とフランツ王子はこれを撃退する。

ジュラルミン大公から贈られた船に乗ったサファイヤは、フランツ王子と共にバラの咲き乱れる孤島へ流されてしまった。島に着いた二人を待ち受けていたのは、殺し屋・クモ男だった。サファイヤはリボンの騎士となってフランツ王子と共にクモ男と壮絶な死闘を繰り広げる。

白い大鷲が現われると不幸が起きるという伝説のあるシルバーランド。ある日、サファイヤは白い大鷲を発見。それが合図かのように突如としてX連合が巨大な大砲を使って攻撃してきた。その大砲は一発で城を吹き飛ばしてしまえるほどの威力があるらしい。サファイヤはフランツ王子と協力して氷で巨大なレンズを作り、大砲の火薬を暴発させ、シルバーランドを救うのだった。

シルバーランド近海に出没しては船舶を襲う幽霊船に、チンクが捕まった。連絡を受けたサファイヤは、容疑をかけられた海賊ブラッドと共にチンク救出に向かった。

フランツ王子のゴールドランドに火事が起こり、放火犯人はリボンの騎士だという噂が広まる。そこでサファイヤは真相を探りにゴールドランドに潜入するが、蛾を操る怪人物オババに捕えられてしまう。オババはX連合の手先で、放火犯人だった。

ゴールドランドにX連合の大艦隊が現われ、降伏を迫るが、フランツは北の砦に陣どり戦う。しかし隣国が裏切り、ゴールドランド城は炎上、占領されてしまう。サファイヤはリボンの騎士となってフランツ救出に向かう。フランツの忠臣で、いつもサファイヤとフランツの手紙を運んでくれていたトッドじいさんが自らを犠牲にして助けてくれる。サファイヤとフランツはトッド爺さんの墓の前に立ち、涙を流しながらも、X連合の打倒を誓う。

X連合はならず者たちを使ってサファイヤを誘拐させるが、犯人はサファイヤの友人、海賊ブラッドで、すべてはX連合の動きを知るためだった。X連合に味方するナイロン卿は、サファイヤからのおふれだと偽って町を壊しはじめる。さらに城の地下にも時限爆弾を仕掛けた。ブラッドと共に城へ戻ったサファイヤは、間一髪爆弾を止めるのに成功すると、逆に敵の島を爆破する。

シルバーランド征服の手をゆるめないX連合は魔の山へと侵攻してヘケートを捕らえる。メフィストはそれを知って激怒するが、X連合が地上に悪の世界を作ろうとしているのを知り、協力を買って出ることにする。魔王によって捕らえられたサファイヤは、ヘケートと彼女に恋をしたXの兵士ガーナによって救い出された。娘の恋を知ったメフィストはX連合との協力を白紙に戻し、X連合と戦いはじめる。しかし魔女に人間との恋は許されず、それを黙認したメフィストとヘルに大魔王の怒りが落ちる。ふたりは山と湖に姿を変えられ、ヘケートは魔力を奪われ、ただの人間になってしまう。けれど逆にそのおかげでヘケートは恋を実らせることができた。

X連合は、シルバーランド攻略のための出城を築くため、黒い霧と巨人を使って人々を誘拐した。サファイヤは巨人に立ち向かうが、毒の霧にやられ倒れてしまう。サファイヤの身代わりに王妃が誘拐されたのを知ったサファイヤは、リボンの騎士となって巨人に再度挑戦し、出島を破壊して人々を救出する。

X連合はついに総攻撃を仕掛けてきた。ジュラルミン大公の裏切りによって、シルバーランドはついにX連合の手に下った。王と王妃は、王国の象徴をサファイヤに託し脱出させた。そしてジュラルミンによって城は奪われ、王と王妃は殺されてしまい、サファイヤは悲しみのどん底に突き落とされてしまう。野望を達成したかに見えたジュラルミンも、ナイロン卿によって暗殺されてしまう。しかしサファイヤは城を取り戻すことはできない。サファイヤとフランツの前にはX連合という強大な壁が立ちはだかっていたからだ。

失意の国民を励ますため、サファイヤは王家の象徴である金、銀、銅の三つの玉を、チンクに頼んで鐘に取り付けさせる。すると鐘は素晴しい音色で自然に鳴りはじめた。勇気づけられた国中の人々は、サファイヤと共にX連合に立ち向かうことを決意する。そしてついにサファイヤと連合を率いるXは一騎打ちとなり、サファイヤはついにXを倒す。そしてチンクの身を捧げた祈りが聞き入れられ、王と王妃は命を甦らせることができた。シルバーランドは長い陰謀と戦いの歴史を終え、幸福で平和な時代を迎えようとしていた。